187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6730 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 
323 aa  668    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  74.18 
 
 
324 aa  496  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  69.47 
 
 
330 aa  480  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  41.85 
 
 
344 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  36.34 
 
 
313 aa  172  7.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  35.83 
 
 
487 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  35.1 
 
 
644 aa  169  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  30.67 
 
 
509 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  34.83 
 
 
450 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.54 
 
 
444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  31.82 
 
 
533 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  34.44 
 
 
317 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  29.64 
 
 
524 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  30.57 
 
 
535 aa  125  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  30.65 
 
 
1186 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  30.49 
 
 
348 aa  122  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  31.25 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  30.47 
 
 
679 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  31.38 
 
 
468 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  31.08 
 
 
317 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  29.17 
 
 
618 aa  113  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  28.31 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  27.81 
 
 
384 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  28.01 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  28.01 
 
 
315 aa  109  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  27.85 
 
 
383 aa  108  2e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  28.7 
 
 
340 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  28.7 
 
 
311 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  28.16 
 
 
393 aa  106  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.4 
 
 
320 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  27.81 
 
 
304 aa  102  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  26.9 
 
 
464 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  27.27 
 
 
311 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  26.55 
 
 
315 aa  99.4  8e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  29.41 
 
 
326 aa  99.4  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  28.97 
 
 
401 aa  97.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  24.55 
 
 
325 aa  96.7  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.78 
 
 
346 aa  96.7  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.4 
 
 
344 aa  95.9  9e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  27.39 
 
 
1338 aa  94.7  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.05 
 
 
316 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  25.81 
 
 
310 aa  92.8  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  28.01 
 
 
345 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  28.57 
 
 
527 aa  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  28.01 
 
 
346 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  27.33 
 
 
385 aa  88.6  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  27.71 
 
 
712 aa  87.8  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.96 
 
 
367 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  24.44 
 
 
334 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  27.57 
 
 
330 aa  87  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  26.3 
 
 
306 aa  86.3  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  25.45 
 
 
383 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  29.7 
 
 
337 aa  83.6  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  25.95 
 
 
667 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.76 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  27.39 
 
 
572 aa  79  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  24.64 
 
 
344 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  27.34 
 
 
505 aa  77.4  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.9 
 
 
345 aa  77  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  28.43 
 
 
472 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  23.81 
 
 
855 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  26.58 
 
 
341 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.46 
 
 
495 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.37 
 
 
547 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  25.09 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  25.54 
 
 
522 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  28.01 
 
 
501 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  26.47 
 
 
577 aa  68.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  25.6 
 
 
472 aa  67.8  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  26.87 
 
 
510 aa  67.4  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  23.8 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  30.3 
 
 
699 aa  67  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  23.99 
 
 
471 aa  66.6  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  24.67 
 
 
517 aa  66.2  0.0000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4281  glycoside hydrolase family protein  24.83 
 
 
304 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.394059  normal  0.201547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  26.34 
 
 
319 aa  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.5 
 
 
546 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  28.89 
 
 
535 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  26.16 
 
 
556 aa  65.1  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.15 
 
 
536 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1115  family 43 glycoside hydrolase  25.73 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  25.66 
 
 
829 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  25 
 
 
566 aa  64.3  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  28.89 
 
 
540 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  24.78 
 
 
581 aa  64.3  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  23.6 
 
 
357 aa  63.5  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  24.08 
 
 
542 aa  63.2  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  24.69 
 
 
514 aa  63.2  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1302  putative beta-xylosidase  23.45 
 
 
713 aa  63.2  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0745  glycoside hydrolase family 43  24.03 
 
 
327 aa  62.8  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.465475  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  25.17 
 
 
540 aa  62.8  0.000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  25.27 
 
 
512 aa  62.4  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 
571 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  25.27 
 
 
451 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  25.72 
 
 
524 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  25.62 
 
 
558 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  21.8 
 
 
319 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  24.27 
 
 
541 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  22.68 
 
 
471 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.87 
 
 
537 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>