216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0810 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  100 
 
 		 450 aa  936    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.25 
 
 		 444 aa  392  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  35.1 
 
 		 533 aa  235  9e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  31.86 
 
 		 509 aa  224  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  42.17 
 
 		 316 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  31.3 
 
 		 1186 aa  219  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  32.67 
 
 		 464 aa  217  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  33.33 
 
 		 618 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  31.09 
 
 		 524 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  31.01 
 
 		 679 aa  206  6e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  36.36 
 
 		 346 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.89 
 
 		 344 aa  199  7e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  36.78 
 
 		 346 aa  197  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.91 
 
 		 330 aa  190  4e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  29.62 
 
 		 535 aa  187  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.2 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  36.73 
 
 		 326 aa  186  7e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  34.9 
 
 		 383 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  34.05 
 
 		 367 aa  180  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  35.09 
 
 		 344 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  32.86 
 
 		 404 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  34.85 
 
 		 317 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  32.03 
 
 		 383 aa  173  6.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  36.11 
 
 		 385 aa  173  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  35.47 
 
 		 315 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  35.17 
 
 		 315 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  35.17 
 
 		 315 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  35.97 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  31.14 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  34.13 
 
 		 468 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  28.78 
 
 		 1338 aa  157  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  34.67 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  34.33 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.99 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  34.38 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  33.04 
 
 		 330 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  35.51 
 
 		 324 aa  150  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  36.13 
 
 		 323 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  33.56 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  34.08 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  28.03 
 
 		 712 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  31.16 
 
 		 527 aa  133  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  31.38 
 
 		 644 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  30.97 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  34.23 
 
 		 313 aa  127  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  27.79 
 
 		 667 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  27.81 
 
 		 315 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.78 
 
 		 471 aa  94.4  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  28.53 
 
 		 319 aa  89.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  28.96 
 
 		 471 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  29.2 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  30.66 
 
 		 855 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  27.64 
 
 		 384 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  31.02 
 
 		 517 aa  77  0.0000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  28.95 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  25.75 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  32.14 
 
 		 1015 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  30.2 
 
 		 525 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  29.63 
 
 		 928 aa  72  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  37.25 
 
 		 501 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  36.63 
 
 		 965 aa  70.1  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  33.33 
 
 		 951 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  28.39 
 
 		 512 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.68 
 
 		 488 aa  69.7  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  35.35 
 
 		 629 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  37.25 
 
 		 746 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1911  carbohydrate-binding family 6 protein  35.35 
 
 		 1290 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.374482  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  33.58 
 
 		 604 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  26.9 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  27.15 
 
 		 306 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  35.29 
 
 		 1122 aa  66.2  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  30.85 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  27.24 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.34 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  29.94 
 
 		 630 aa  64.3  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3109  glycoside hydrolase family protein  29.12 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158232 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  26.58 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.29 
 
 		 539 aa  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  26.23 
 
 		 492 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.17 
 
 		 536 aa  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  27.83 
 
 		 566 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  32.33 
 
 		 490 aa  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  26.37 
 
 		 527 aa  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  30.89 
 
 		 497 aa  63.5  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  29.85 
 
 		 912 aa  63.5  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  29.06 
 
 		 523 aa  63.5  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  32.12 
 
 		 469 aa  63.5  0.000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1241  Carbohydrate binding family 6  34.65 
 
 		 1164 aa  63.5  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  24.84 
 
 		 829 aa  62  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  32.38 
 
 		 566 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  25.72 
 
 		 504 aa  62  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  25.94 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  27.78 
 
 		 542 aa  60.8  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  32.67 
 
 		 837 aa  60.8  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  24.29 
 
 		 551 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.52 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  28.06 
 
 		 550 aa  60.5  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  27.23 
 
 		 541 aa  60.5  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6431  glycoside hydrolase family 43  27.75 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.756264  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  25.63 
 
 		 512 aa  60.5  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>