122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3109 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3109  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
348 aa  719    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.158232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2847  glycoside hydrolase family 43  31.5 
 
 
381 aa  159  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000478451  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  28.52 
 
 
512 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  25.64 
 
 
1585 aa  72  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  25.63 
 
 
1338 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 
519 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  27.46 
 
 
546 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  26.1 
 
 
577 aa  66.6  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  26.35 
 
 
537 aa  66.2  0.0000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  27.85 
 
 
518 aa  65.9  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  25.53 
 
 
518 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  29.12 
 
 
450 aa  64.3  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  29.92 
 
 
855 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.24 
 
 
341 aa  63.5  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  27.05 
 
 
526 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.5 
 
 
515 aa  62  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  27.24 
 
 
517 aa  60.5  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2329  glycoside hydrolase family 43  24.48 
 
 
343 aa  60.1  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000753035  normal  0.46134 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  26.17 
 
 
563 aa  59.7  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  25.58 
 
 
536 aa  59.3  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  29.27 
 
 
636 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  27.42 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1420  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 
530 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.394008  normal  0.931127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  26.18 
 
 
566 aa  57.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  23.78 
 
 
1186 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  23.08 
 
 
393 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  26.69 
 
 
503 aa  57.8  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  25.4 
 
 
512 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  27.92 
 
 
665 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1512  glycoside hydrolase family 43  26.48 
 
 
335 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  26.46 
 
 
464 aa  57.4  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  25.96 
 
 
746 aa  56.6  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  23.47 
 
 
384 aa  56.2  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  23.4 
 
 
556 aa  55.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  23.44 
 
 
341 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  27.23 
 
 
497 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  29.51 
 
 
618 aa  55.1  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  26.26 
 
 
527 aa  55.1  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  25.82 
 
 
543 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.59 
 
 
352 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  26.51 
 
 
510 aa  54.3  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.05 
 
 
562 aa  54.3  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  24.91 
 
 
551 aa  53.9  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.36 
 
 
346 aa  53.1  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1858  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.21 
 
 
505 aa  53.1  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  24.42 
 
 
487 aa  53.1  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  26.22 
 
 
532 aa  53.1  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  26.64 
 
 
540 aa  52.8  0.000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  26.89 
 
 
310 aa  52.8  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  25.41 
 
 
586 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.25 
 
 
538 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  25.25 
 
 
581 aa  52.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  28.57 
 
 
527 aa  52.8  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2371  glycoside hydrolase family 43  26.96 
 
 
293 aa  52.4  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  23.75 
 
 
345 aa  51.6  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  24.47 
 
 
451 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2654  glycoside hydrolase family 43  32.98 
 
 
299 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.435311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  24.61 
 
 
522 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.55 
 
 
367 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  26.97 
 
 
496 aa  51.2  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.31 
 
 
327 aa  50.8  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  23.31 
 
 
560 aa  51.2  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  22.03 
 
 
699 aa  50.8  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  23.64 
 
 
522 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3207  glycoside hydrolase family protein  29.38 
 
 
337 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.417099 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  24.52 
 
 
472 aa  50.4  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  23.81 
 
 
508 aa  50.1  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.69 
 
 
558 aa  50.1  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  27.04 
 
 
524 aa  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  24.56 
 
 
541 aa  49.3  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  25.69 
 
 
523 aa  48.9  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.81 
 
 
355 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.19 
 
 
355 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  25.42 
 
 
533 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.77 
 
 
357 aa  48.9  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6431  glycoside hydrolase family 43  22.34 
 
 
325 aa  48.5  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.756264  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.19 
 
 
356 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  23.21 
 
 
313 aa  48.1  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  23.26 
 
 
522 aa  48.1  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  23.17 
 
 
497 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  23.71 
 
 
537 aa  47.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  25.4 
 
 
1195 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  25.32 
 
 
504 aa  47.4  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  27.62 
 
 
572 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  27.92 
 
 
334 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  25.32 
 
 
306 aa  47.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  23.32 
 
 
357 aa  47.4  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  24.3 
 
 
383 aa  47  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  24.7 
 
 
525 aa  47  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  21.45 
 
 
539 aa  46.6  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  25.41 
 
 
348 aa  46.6  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.71 
 
 
346 aa  46.6  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1257  glycoside hydrolase family 43  22.48 
 
 
500 aa  46.6  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.8 
 
 
488 aa  46.6  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  23.74 
 
 
509 aa  46.2  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  27.21 
 
 
344 aa  45.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  22.62 
 
 
536 aa  46.2  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  24.48 
 
 
550 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  26.81 
 
 
516 aa  46.2  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  23.33 
 
 
401 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>