More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1963 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 837 aa  1726    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  69.25 
 
 		 501 aa  677    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  53.18 
 
 		 490 aa  491  1e-137  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  44.68 
 
 		 347 aa  317  6e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  44.38 
 
 		 347 aa  314  3.9999999999999997e-84  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  46.39 
 
 		 371 aa  310  8e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  48.59 
 
 		 474 aa  309  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  45.71 
 
 		 628 aa  296  9e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  42.17 
 
 		 423 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  42.6 
 
 		 491 aa  283  8.000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  39.57 
 
 		 373 aa  283  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  42.81 
 
 		 333 aa  281  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  41.01 
 
 		 477 aa  272  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  44.41 
 
 		 543 aa  271  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  41.74 
 
 		 678 aa  269  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  38.57 
 
 		 399 aa  268  4e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  41.38 
 
 		 451 aa  260  6e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1407  putative esterase  48.77 
 
 		 640 aa  260  7e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00376031  normal  0.509577 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0708  putative esterase  49.63 
 
 		 285 aa  260  7e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  41.07 
 
 		 488 aa  260  8e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  41.07 
 
 		 503 aa  259  2e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  40.18 
 
 		 490 aa  258  4e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  44.06 
 
 		 457 aa  257  6e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  38.63 
 
 		 383 aa  256  9e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  37.8 
 
 		 394 aa  256  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  40.25 
 
 		 487 aa  253  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  39.56 
 
 		 778 aa  253  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  38.76 
 
 		 376 aa  253  1e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  42.24 
 
 		 495 aa  249  1e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  39.88 
 
 		 389 aa  248  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  37.13 
 
 		 398 aa  248  4e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3878  putative esterase  52 
 
 		 560 aa  247  6.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  40.18 
 
 		 820 aa  238  3e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4242  putative esterase  44.77 
 
 		 638 aa  237  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.630883  normal  0.535374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0345  putative esterase  49.6 
 
 		 305 aa  236  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  43.73 
 
 		 829 aa  236  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  55.74 
 
 		 683 aa  234  7.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  34.56 
 
 		 328 aa  233  1e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  60.8 
 
 		 679 aa  232  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  42.37 
 
 		 497 aa  232  2e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  38.82 
 
 		 317 aa  232  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  39.2 
 
 		 815 aa  228  4e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  40.86 
 
 		 323 aa  227  6e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  39.1 
 
 		 474 aa  224  4.9999999999999996e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  36.47 
 
 		 689 aa  223  9e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  39.46 
 
 		 375 aa  223  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  43.9 
 
 		 756 aa  223  9.999999999999999e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2710  Endo-1,4-beta-xylanase  38.41 
 
 		 331 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  38.92 
 
 		 1037 aa  221  5e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  41.98 
 
 		 457 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  41.36 
 
 		 454 aa  215  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  40.97 
 
 		 1001 aa  213  7.999999999999999e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  39.13 
 
 		 472 aa  212  2e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  39.6 
 
 		 697 aa  211  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  35.18 
 
 		 1041 aa  211  5e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  50 
 
 		 928 aa  210  9e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  50 
 
 		 630 aa  209  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  37.8 
 
 		 1478 aa  205  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  35.67 
 
 		 1059 aa  205  3e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  35.67 
 
 		 1059 aa  205  3e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  35.56 
 
 		 338 aa  205  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_35732  Glycoside hydrolase, family 10 Endo-1,4-beta-xylanase precursor (Xylanase) Exoglucanase/xylanase precursor  34.85 
 
 		 321 aa  202  1.9999999999999998e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  34.99 
 
 		 1019 aa  202  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1404  Endo-1,4-beta-xylanase  35.34 
 
 		 370 aa  201  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.374178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2327  Endo-1,4-beta-xylanase  36.96 
 
 		 370 aa  201  6e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.146279  hitchhiker  0.0000050608 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  39.66 
 
 		 451 aa  200  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  32.65 
 
 		 423 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  34.85 
 
 		 366 aa  196  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  35.83 
 
 		 309 aa  194  7e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1132  Endo-1,4-beta-xylanase  33.33 
 
 		 401 aa  193  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  33.12 
 
 		 337 aa  192  2e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4240  Endo-1,4-beta-xylanase  35.86 
 
 		 324 aa  192  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340306  normal  0.631707 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  47.71 
 
 		 965 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  34.16 
 
 		 357 aa  191  5e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  34.67 
 
 		 321 aa  190  8e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  33.14 
 
 		 465 aa  190  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2079  endo-1,4-beta-xylanase  30.83 
 
 		 364 aa  190  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07401  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  34.74 
 
 		 355 aa  189  2e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  34.2 
 
 		 359 aa  187  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3866  endo-1,4-beta-xylanase  34.16 
 
 		 463 aa  184  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0285247  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  29.94 
 
 		 373 aa  184  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  36.91 
 
 		 1020 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  33.03 
 
 		 369 aa  182  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  46.89 
 
 		 604 aa  180  8e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  48.77 
 
 		 1015 aa  179  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1240  Carbohydrate binding family 6  38.71 
 
 		 780 aa  178  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000268081  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  31.44 
 
 		 407 aa  177  7e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  34.94 
 
 		 1050 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  32.71 
 
 		 1018 aa  176  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2253  glycoside hydrolase family 10  31.38 
 
 		 381 aa  175  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1234  Carbohydrate binding family 6  40.45 
 
 		 536 aa  174  6.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.115461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2633  endo-1,4-beta-xylanase  32.34 
 
 		 374 aa  174  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112994  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44391  predicted protein  30.42 
 
 		 486 aa  171  4e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0416192  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  41.07 
 
 		 1122 aa  171  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3907  endo-1,4-beta-xylanase  32.65 
 
 		 392 aa  171  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124298  normal  0.511996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4508  endo-1,4-beta-xylanase  34.56 
 
 		 370 aa  167  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1021  endo-1,4-beta-xylanase  31.91 
 
 		 388 aa  166  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  32.47 
 
 		 368 aa  165  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  32.2 
 
 		 1495 aa  162  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  34.77 
 
 		 619 aa  161  6e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>