127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2253 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2253  glycoside hydrolase family 10  100 
 
 
381 aa  778    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  36.22 
 
 
488 aa  196  8.000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  34 
 
 
371 aa  192  9e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  31.39 
 
 
837 aa  180  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  35.06 
 
 
543 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  36.07 
 
 
474 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  33.43 
 
 
491 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  31.88 
 
 
503 aa  172  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  33.07 
 
 
373 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  30.65 
 
 
423 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  33.33 
 
 
477 aa  166  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  32.35 
 
 
487 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  33.77 
 
 
678 aa  163  6e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  30.42 
 
 
347 aa  162  6e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  31.97 
 
 
778 aa  163  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  29.63 
 
 
347 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  36.25 
 
 
376 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  30.63 
 
 
490 aa  155  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  32.09 
 
 
399 aa  149  7e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  33.7 
 
 
451 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  32.36 
 
 
628 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  31.93 
 
 
394 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  34.98 
 
 
495 aa  143  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  31.12 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  33.55 
 
 
383 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  30.21 
 
 
333 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  31.5 
 
 
820 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  31.58 
 
 
497 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  30.75 
 
 
815 aa  129  7.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  31.01 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  28.61 
 
 
389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2793  glycoside hydrolase family 10  30.52 
 
 
561 aa  127  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0410963 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  30.53 
 
 
457 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  33.53 
 
 
829 aa  124  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26810  beta-1,4-xylanase  29.3 
 
 
566 aa  122  7e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.400635 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  29.21 
 
 
366 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  27.38 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  29.71 
 
 
357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_35732  Glycoside hydrolase, family 10 Endo-1,4-beta-xylanase precursor (Xylanase) Exoglucanase/xylanase precursor  27.76 
 
 
321 aa  117  3e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  32.55 
 
 
474 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  29.62 
 
 
375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  30.86 
 
 
756 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  27.18 
 
 
359 aa  113  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2327  Endo-1,4-beta-xylanase  31.58 
 
 
370 aa  113  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.146279  hitchhiker  0.0000050608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  24.59 
 
 
369 aa  112  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  32.4 
 
 
472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  29.45 
 
 
1001 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4240  Endo-1,4-beta-xylanase  28.07 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340306  normal  0.631707 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  31.88 
 
 
451 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  28.38 
 
 
1037 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3866  endo-1,4-beta-xylanase  26.1 
 
 
463 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0285247  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  27.46 
 
 
407 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  29.74 
 
 
454 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  24.07 
 
 
321 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2710  Endo-1,4-beta-xylanase  27.56 
 
 
331 aa  103  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  27.64 
 
 
323 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  29.07 
 
 
465 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1404  Endo-1,4-beta-xylanase  25.35 
 
 
370 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.374178 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  29.81 
 
 
1019 aa  100  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.104467 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  25.55 
 
 
309 aa  99.4  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2079  endo-1,4-beta-xylanase  23.45 
 
 
364 aa  98.6  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0624  endo-1,4-beta-xylanase  27.13 
 
 
756 aa  97.8  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000271039  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2633  endo-1,4-beta-xylanase  25.37 
 
 
374 aa  97.1  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112994  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  29.25 
 
 
1050 aa  96.7  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  26.65 
 
 
457 aa  96.7  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  26.9 
 
 
1018 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1132  Endo-1,4-beta-xylanase  26.86 
 
 
401 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  24.72 
 
 
689 aa  94.7  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 
619 aa  94.4  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1021  endo-1,4-beta-xylanase  29.19 
 
 
388 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176151  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  25.07 
 
 
1041 aa  93.6  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  25.68 
 
 
697 aa  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  28.34 
 
 
619 aa  90.5  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  26.57 
 
 
373 aa  90.1  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  28.75 
 
 
338 aa  90.1  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07401  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  40.48 
 
 
355 aa  89.4  9e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44391  predicted protein  27.15 
 
 
486 aa  89  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0416192  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2108  endo-1,4-beta-xylanase  24.93 
 
 
806 aa  88.6  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2643  endo-1,4-beta-xylanase  26.29 
 
 
770 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739332  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2227  endo-1,4-beta-xylanase  28.32 
 
 
382 aa  86.3  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.470132  normal  0.0116576 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  24.53 
 
 
541 aa  86.3  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  27.51 
 
 
1059 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  27.51 
 
 
1059 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3212  Endo-1,4-beta-xylanase  28.18 
 
 
357 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908141  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  25.51 
 
 
1020 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2962  glycoside hydrolase family 10  28.4 
 
 
357 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0820888  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  24.15 
 
 
337 aa  84.7  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  26.54 
 
 
1478 aa  84  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0912  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 
1077 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  23.87 
 
 
423 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  26.73 
 
 
1495 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  28.12 
 
 
690 aa  77  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3907  endo-1,4-beta-xylanase  28.44 
 
 
392 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124298  normal  0.511996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4508  endo-1,4-beta-xylanase  28.62 
 
 
370 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 
368 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1510  endo-1,4-beta-xylanase  24.63 
 
 
520 aa  69.7  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000764264  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  24.11 
 
 
574 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1648  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  28.01 
 
 
1146 aa  68.9  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.479186  hitchhiker  0.00101634 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4610  glycoside hydrolase family protein  24.68 
 
 
721 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0639  Endo-1,4-beta-xylanase  31.34 
 
 
1215 aa  67  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.164422 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>