137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_20520 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  100 
 
 
542 aa  1052    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  48.13 
 
 
515 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  37.43 
 
 
519 aa  351  2e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  37.07 
 
 
516 aa  322  9.999999999999999e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  53 
 
 
512 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  43.61 
 
 
538 aa  278  1e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  38.6 
 
 
517 aa  272  1e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  43.34 
 
 
581 aa  268  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  35.39 
 
 
563 aa  262  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.79 
 
 
546 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  43.65 
 
 
566 aa  251  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  49.66 
 
 
497 aa  245  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  34.09 
 
 
577 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  39.72 
 
 
484 aa  244  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  37.99 
 
 
496 aa  238  3e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  35.54 
 
 
556 aa  232  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  31.19 
 
 
498 aa  232  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.27 
 
 
523 aa  231  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  43.16 
 
 
497 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  47.92 
 
 
488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  44.44 
 
 
451 aa  216  8e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  41.32 
 
 
547 aa  213  7e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.01 
 
 
558 aa  210  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  35.83 
 
 
550 aa  210  4e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  41.02 
 
 
540 aa  209  1e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  33.77 
 
 
532 aa  208  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  44.52 
 
 
492 aa  208  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  41.38 
 
 
546 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.77 
 
 
541 aa  204  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  31.56 
 
 
512 aa  204  4e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1879  beta-xylosidase  35.25 
 
 
590 aa  204  4e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  27.26 
 
 
571 aa  200  6e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  35.23 
 
 
586 aa  198  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  37.62 
 
 
541 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.18 
 
 
537 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  41.03 
 
 
526 aa  190  5e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.13 
 
 
536 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.53 
 
 
539 aa  189  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  35.91 
 
 
514 aa  188  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.91 
 
 
537 aa  187  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  28.51 
 
 
552 aa  178  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2504  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.88 
 
 
558 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1878  beta-xylosidase  31.86 
 
 
539 aa  173  9e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  27.46 
 
 
553 aa  172  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08477  xylosidase : arabinofuranosidase (AFU_orthologue; AFUA_2G13190)  34.52 
 
 
546 aa  168  2.9999999999999998e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  28.67 
 
 
636 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.69 
 
 
559 aa  164  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06751  glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06110)  34.26 
 
 
591 aa  141  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.326162 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  32.71 
 
 
525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  26.35 
 
 
1338 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  34.44 
 
 
572 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  32.19 
 
 
536 aa  128  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  30.43 
 
 
560 aa  127  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30 
 
 
562 aa  123  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  34.65 
 
 
504 aa  121  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  30.92 
 
 
551 aa  121  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  24.27 
 
 
532 aa  120  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.42 
 
 
540 aa  120  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  29.79 
 
 
537 aa  118  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  30.12 
 
 
535 aa  118  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  30 
 
 
522 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  30.32 
 
 
537 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  29.78 
 
 
522 aa  114  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  31.91 
 
 
547 aa  113  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  27.22 
 
 
543 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  29.63 
 
 
534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  30.68 
 
 
511 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  30.09 
 
 
522 aa  107  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  24.79 
 
 
518 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  29.46 
 
 
665 aa  103  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1420  glycoside hydrolase family 43  29.69 
 
 
530 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.394008  normal  0.931127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  27.33 
 
 
545 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  33.64 
 
 
304 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  24.49 
 
 
746 aa  100  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  35.12 
 
 
527 aa  99.8  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  30.28 
 
 
1195 aa  98.2  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  29.33 
 
 
521 aa  96.3  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  26.06 
 
 
508 aa  93.6  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2108  glycoside hydrolase family 43  26.23 
 
 
650 aa  91.3  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000141623  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  27.17 
 
 
522 aa  90.5  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  29.41 
 
 
518 aa  88.2  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  28.45 
 
 
524 aa  86.3  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01043  conserved hypothetical protein  38.36 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07275  xylosidase/glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00930)  24.33 
 
 
503 aa  82.8  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000188631  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3302  glycoside hydrolase family 43  29.63 
 
 
532 aa  81.6  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00567592  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  27.06 
 
 
501 aa  80.9  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  26.01 
 
 
315 aa  79.7  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  29.78 
 
 
1474 aa  79  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  26.15 
 
 
691 aa  79  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  28.05 
 
 
495 aa  73.9  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03261  xylosidase  27.36 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.687612  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  23.99 
 
 
1585 aa  73.6  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  27.09 
 
 
384 aa  72.8  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  28.88 
 
 
345 aa  72  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1068  glycoside hydrolase family 43  26.38 
 
 
797 aa  72  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000256501  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  22.51 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  27.08 
 
 
699 aa  70.1  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  24.84 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  24.53 
 
 
472 aa  67  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1257  glycoside hydrolase family 43  22.61 
 
 
500 aa  66.6  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>