196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0182 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0182  hypothetical protein  100 
 
 		 933 aa  1870    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.132644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2156  hypothetical protein  40.32 
 
 		 462 aa  336  1e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0754544 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0565  signal peptide and transmembrane prediction  38.9 
 
 		 478 aa  316  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390373  normal  0.415179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2125  protein of unknown function DUF1593  37 
 
 		 477 aa  312  2e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0761  protein of unknown function DUF1593  36.51 
 
 		 488 aa  302  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6073  protein of unknown function DUF1593  36.64 
 
 		 474 aa  293  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3215  hypothetical protein  35.85 
 
 		 498 aa  280  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2122  hypothetical protein  33.69 
 
 		 492 aa  269  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.526696  normal  0.730716 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00711  alpha-rhamnosidase (Eurofung)  29.37 
 
 		 1507 aa  221  3.9999999999999997e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.210101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  66.67 
 
 		 574 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  52.7 
 
 		 1186 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0873  hypothetical protein  25.3 
 
 		 493 aa  145  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.390345  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  44.72 
 
 		 700 aa  113  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  51.4 
 
 		 511 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07383  conserved hypothetical protein  36.11 
 
 		 505 aa  110  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2806  protein of unknown function DUF1593  31.03 
 
 		 431 aa  109  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.1118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4606  hypothetical protein  37.78 
 
 		 1574 aa  99.8  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  48.42 
 
 		 791 aa  98.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4124  hypothetical protein  34.67 
 
 		 1853 aa  94.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.888798 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2939  ATPase  39.13 
 
 		 787 aa  92.8  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4492  hypothetical protein  36.36 
 
 		 1853 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.664727 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3420  thiamine-monophosphate kinase  46.73 
 
 		 725 aa  92  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0210167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0649  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  45.16 
 
 		 867 aa  85.9  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.387734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2792  hypothetical protein  34.88 
 
 		 938 aa  83.2  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00550  protein of unknown function (DUF1593) with cadherin domain  34.09 
 
 		 480 aa  80.9  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.451215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  44.68 
 
 		 914 aa  80.9  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2666  glycosy hydrolase family protein  31.76 
 
 		 970 aa  80.9  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  35.95 
 
 		 503 aa  79.3  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  36.18 
 
 		 503 aa  78.6  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0565  hypothetical protein  33.33 
 
 		 524 aa  77.8  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.333932  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  44.57 
 
 		 442 aa  77.4  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  38.98 
 
 		 619 aa  76.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  44.05 
 
 		 460 aa  76.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  46.07 
 
 		 488 aa  75.5  0.000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  41.3 
 
 		 487 aa  75.5  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  45.24 
 
 		 436 aa  75.1  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0957  PA14 domain protein  39.34 
 
 		 3802 aa  74.7  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.168147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2745  cellulose-binding family II  50 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  41.24 
 
 		 775 aa  73.2  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1917  Chitinase-like protein  28.5 
 
 		 613 aa  73.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0352  family 12 glycoside hydrolase  45.88 
 
 		 393 aa  73.6  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0731  cellulose-binding family II  40.22 
 
 		 934 aa  72  0.00000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6640  cellulose-binding family II  44.21 
 
 		 727 aa  72  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0877502 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2777  Kelch repeat-containing protein  36.51 
 
 		 1762 aa  70.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0935  hypothetical protein  38.83 
 
 		 847 aa  70.1  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.619972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  41.57 
 
 		 423 aa  70.1  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1074  endoglucanase  42.27 
 
 		 441 aa  68.9  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0857507  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  41.05 
 
 		 454 aa  68.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1896  1, 4-beta cellobiohydrolase  43.02 
 
 		 646 aa  67.8  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.776414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0474  glycoside hydrolase family 11  39.02 
 
 		 494 aa  67  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  36.56 
 
 		 580 aa  67.8  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3673  fibronectin type III domain-containing protein  31.12 
 
 		 2170 aa  67.4  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  43.82 
 
 		 690 aa  65.9  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  34.83 
 
 		 623 aa  66.2  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2509  esterase, PHB depolymerase family  33.7 
 
 		 489 aa  65.5  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.821888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  33.03 
 
 		 669 aa  65.5  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  39.29 
 
 		 688 aa  65.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3105  glycoside hydrolase family 48  43.82 
 
 		 854 aa  65.5  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0252708  hitchhiker  0.000502295 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  41.46 
 
 		 1209 aa  65.9  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1134  glycoside hydrolase family 48  34.83 
 
 		 842 aa  65.5  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  45.24 
 
 		 477 aa  65.1  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  39.29 
 
 		 518 aa  65.5  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  37.8 
 
 		 778 aa  65.5  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4288  cellulose-binding family II  38.89 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.016596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5339  glycoside hydrolase family 9  33.33 
 
 		 875 aa  64.7  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4152  cellulose-binding family II  44.33 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1959  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  31.75 
 
 		 984 aa  64.3  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2990  cellulose-binding family II protein  36.21 
 
 		 366 aa  63.9  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.826139  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0925  cellulose-binding family II  38.46 
 
 		 460 aa  63.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.146256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1232  PKD domain-containing protein  28.7 
 
 		 2706 aa  63.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  39.13 
 
 		 474 aa  63.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  43.01 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  40.24 
 
 		 763 aa  62.8  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  36.17 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4194  1, 4-beta cellobiohydrolase  44.44 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  24.86 
 
 		 773 aa  62.4  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  35.83 
 
 		 621 aa  61.6  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4377  glycoside hydrolase family protein  27.53 
 
 		 469 aa  62  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6973  cellulose-binding family II  40.19 
 
 		 1007 aa  61.6  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0294  cellulose-binding family II protein  33.33 
 
 		 609 aa  61.6  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.558691  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0016  glycoside hydrolase family 9  35.11 
 
 		 990 aa  61.2  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.114686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3001  chitinase  29.78 
 
 		 2310 aa  61.2  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.426725  normal  0.0460481 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  36.27 
 
 		 846 aa  61.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1559  family 62 glycoside hydrolase  35.9 
 
 		 488 aa  60.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.622478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  44.29 
 
 		 1137 aa  60.8  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  35.11 
 
 		 746 aa  60.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2830  family 6 glycoside hydrolase  41.25 
 
 		 456 aa  60.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.426426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0619  cellulose-binding family II protein  38.1 
 
 		 403 aa  60.1  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682246 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0970  glycoside hydrolase family protein  39.39 
 
 		 894 aa  60.1  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.184783 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0538  glycoside hydrolase family 6  46.43 
 
 		 446 aa  60.1  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.448554 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6890  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)- like protein  33.59 
 
 		 767 aa  59.7  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0936  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  40.21 
 
 		 979 aa  59.7  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  38.1 
 
 		 466 aa  59.7  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1665  cellulose-binding family II protein  34.41 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.862652  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  37.8 
 
 		 628 aa  59.7  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  40.74 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0569  hypothetical protein  42.05 
 
 		 781 aa  58.9  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2729  Alpha-L-arabinofuranosidase B catalytic  36.21 
 
 		 479 aa  58.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.400956  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  31.87 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  39.02 
 
 		 743 aa  58.2  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>