172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1069 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1069  glycoside hydrolase family 10  100 
 
 		 997 aa  2019    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000326536  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4610  glycoside hydrolase family protein  53.8 
 
 		 721 aa  355  2e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3590  glycoside hydrolase family protein  50.95 
 
 		 325 aa  314  3.9999999999999997e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.013688  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03861  glycosyl hydrolase family 10  49.05 
 
 		 325 aa  302  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260596  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03863  glycosyl hydrolase family 10  45.56 
 
 		 271 aa  250  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  36.5 
 
 		 541 aa  216  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  38.78 
 
 		 574 aa  214  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  38.91 
 
 		 1186 aa  206  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2043  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 10 protein  33.23 
 
 		 1247 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1239  bifunctional acetylxylan esterase/xylanase, CBM4 module, glycoside hydrolase family 10 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  32.24 
 
 		 1414 aa  179  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.830301 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  28.18 
 
 		 488 aa  108  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2590  glycoside hydrolase family protein  26.15 
 
 		 639 aa  100  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.549614  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2105  xylanase  30.29 
 
 		 674 aa  99.4  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  28.23 
 
 		 477 aa  97.1  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3704  glycoside hydrolase family protein  29.76 
 
 		 417 aa  96.3  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  29.01 
 
 		 820 aa  95.1  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  25.53 
 
 		 347 aa  95.1  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  27.01 
 
 		 373 aa  94  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  26.06 
 
 		 1059 aa  92.4  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  26.06 
 
 		 1059 aa  92.4  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  29.69 
 
 		 497 aa  92  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  25.53 
 
 		 347 aa  92  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  28.23 
 
 		 371 aa  91.7  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2108  endo-1,4-beta-xylanase  25.28 
 
 		 806 aa  91.3  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  27.04 
 
 		 366 aa  89.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  26.28 
 
 		 423 aa  87.8  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  26.24 
 
 		 321 aa  87.4  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  27.3 
 
 		 815 aa  87.4  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  28.24 
 
 		 491 aa  86.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  25.16 
 
 		 495 aa  86.3  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  28.94 
 
 		 1020 aa  85.9  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  26.6 
 
 		 543 aa  85.5  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  25.31 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2119  glycoside hydrolase family protein  24.19 
 
 		 760 aa  84.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  27.1 
 
 		 756 aa  84.3  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  26.54 
 
 		 689 aa  84.3  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  24.83 
 
 		 503 aa  83.2  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  25.74 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 678 aa  80.5  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  27.65 
 
 		 454 aa  80.9  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  26.38 
 
 		 398 aa  80.1  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  28.47 
 
 		 1018 aa  80.1  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  25.75 
 
 		 337 aa  79.7  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  25.66 
 
 		 457 aa  79.7  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0200  hypothetical protein  39.04 
 
 		 763 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  26.32 
 
 		 323 aa  79.3  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  30.3 
 
 		 328 aa  79.3  0.0000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  26 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3862  endo-1,4-beta-xylanase  26.13 
 
 		 2457 aa  78.6  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  25.56 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  28.31 
 
 		 1019 aa  77  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  27.39 
 
 		 399 aa  76.6  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  25.71 
 
 		 1037 aa  76.6  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1003  hypothetical protein  41 
 
 		 152 aa  77  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126891  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1150  hypothetical protein  44.79 
 
 		 1162 aa  75.9  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  27.11 
 
 		 338 aa  76.3  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  25.49 
 
 		 333 aa  75.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2327  Endo-1,4-beta-xylanase  28.52 
 
 		 370 aa  75.5  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.146279  hitchhiker  0.0000050608 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  25.32 
 
 		 829 aa  75.5  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  27.06 
 
 		 1001 aa  75.1  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1068  Endo-1,4-beta-xylanase  28.76 
 
 		 912 aa  74.7  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0377061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  26.99 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  26.1 
 
 		 472 aa  74.3  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  27.64 
 
 		 317 aa  74.3  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  26.62 
 
 		 474 aa  73.9  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0624  endo-1,4-beta-xylanase  25.18 
 
 		 756 aa  73.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000271039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1404  Endo-1,4-beta-xylanase  27.4 
 
 		 370 aa  73.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.374178 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  25.18 
 
 		 778 aa  73.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  24.37 
 
 		 1041 aa  72.8  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2643  endo-1,4-beta-xylanase  24.32 
 
 		 770 aa  72.8  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  26.72 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2394  hypothetical protein  37.5 
 
 		 520 aa  72.4  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.201637  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2724  glycoside hydrolase family 10  25.1 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.85294  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3866  endo-1,4-beta-xylanase  23.16 
 
 		 463 aa  72  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0285247  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  25.08 
 
 		 837 aa  72  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  37.74 
 
 		 695 aa  71.6  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3212  Endo-1,4-beta-xylanase  24.01 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  25.96 
 
 		 697 aa  70.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  27.92 
 
 		 451 aa  70.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  25.55 
 
 		 423 aa  70.1  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  22.77 
 
 		 1050 aa  69.7  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  28.84 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0284  hypothetical protein  38.78 
 
 		 679 aa  69.7  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1021  endo-1,4-beta-xylanase  23.55 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4240  Endo-1,4-beta-xylanase  25.09 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340306  normal  0.631707 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0285  alpha amylase catalytic region  44.58 
 
 		 990 aa  68.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2227  endo-1,4-beta-xylanase  26.37 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.470132  normal  0.0116576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  25.65 
 
 		 368 aa  67.4  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  23.25 
 
 		 369 aa  67.8  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1074  glycoside hydrolase family 10  28.42 
 
 		 498 aa  67.4  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  27.59 
 
 		 389 aa  67  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2442  hypothetical protein  39.58 
 
 		 516 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  25.67 
 
 		 394 aa  67  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0323  TonB-like  26.79 
 
 		 670 aa  65.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000416946  normal  0.597274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2471  hypothetical protein  43.53 
 
 		 578 aa  65.5  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  24.81 
 
 		 451 aa  65.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  23.59 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2561  hypothetical protein  33.61 
 
 		 554 aa  64.7  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.339311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  24.78 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20470  beta-1,4-xylanase  26.81 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.739929 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>