143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0323 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0323  TonB-like  100 
 
 		 670 aa  1380    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000416946  normal  0.597274 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3209  glycoside hydrolase family protein  42.62 
 
 		 606 aa  436  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.818517  normal  0.245162 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0896  glycoside hydrolase family 10  38.76 
 
 		 434 aa  250  8e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1074  glycoside hydrolase family 10  35.62 
 
 		 498 aa  229  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0988  glycoside hydrolase family 10  30.38 
 
 		 975 aa  218  4e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.661558  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2172  glycoside hydrolase family 10  31.16 
 
 		 482 aa  186  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2392  Fibronectin type III domain protein  29.31 
 
 		 831 aa  183  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2105  xylanase  33.08 
 
 		 674 aa  178  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2391  Fibronectin type III domain protein  28.47 
 
 		 748 aa  168  4e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.999424  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2590  glycoside hydrolase family protein  30.62 
 
 		 639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.549614  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3704  glycoside hydrolase family protein  27.59 
 
 		 417 aa  150  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2119  glycoside hydrolase family protein  27.85 
 
 		 760 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2370  glycosy hydrolase family protein  26.24 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2369  glycosy hydrolase family protein  26.23 
 
 		 1014 aa  124  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3662  glycoside hydrolase family protein  25.17 
 
 		 451 aa  103  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.132636  normal  0.859273 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  27.76 
 
 		 574 aa  92.8  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  27.48 
 
 		 371 aa  91.3  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2724  glycoside hydrolase family 10  25.62 
 
 		 408 aa  86.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.85294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  26.62 
 
 		 541 aa  86.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  25.33 
 
 		 837 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  24.83 
 
 		 423 aa  82  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  24.44 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  28.36 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0153  glycoside hydrolase family 10  23.47 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  26.03 
 
 		 474 aa  78.6  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  26.09 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  23.42 
 
 		 689 aa  78.2  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  25.46 
 
 		 491 aa  78.2  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  28.18 
 
 		 490 aa  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  28.22 
 
 		 487 aa  77.4  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  24.17 
 
 		 389 aa  76.6  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  24.2 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  25.57 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  25.24 
 
 		 347 aa  73.6  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  24.83 
 
 		 1186 aa  73.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  25.55 
 
 		 375 aa  72.8  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  24.3 
 
 		 543 aa  72  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  25.38 
 
 		 778 aa  71.2  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  24.66 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  25.53 
 
 		 383 aa  70.1  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  25.61 
 
 		 1018 aa  70.1  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  25.53 
 
 		 488 aa  69.3  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  25.43 
 
 		 678 aa  68.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  24.77 
 
 		 503 aa  68.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  27.72 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  23.84 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  28.51 
 
 		 1037 aa  68.2  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  24.25 
 
 		 820 aa  67.8  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  22.71 
 
 		 472 aa  67.4  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  24.92 
 
 		 628 aa  67.4  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  24.58 
 
 		 309 aa  67  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01610  beta-1,4-xylanase  23.19 
 
 		 415 aa  66.6  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1433  glycoside hydrolase family 10  22.76 
 
 		 433 aa  66.6  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.43821  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4610  glycoside hydrolase family protein  26.71 
 
 		 721 aa  66.6  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20470  beta-1,4-xylanase  23.1 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  22.29 
 
 		 398 aa  66.2  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  23.96 
 
 		 376 aa  66.2  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  25.47 
 
 		 451 aa  64.7  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  22.57 
 
 		 454 aa  64.7  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  26.25 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1069  glycoside hydrolase family 10  26.71 
 
 		 997 aa  64.3  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000326536  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  25.28 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  25.68 
 
 		 465 aa  64.3  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  23.99 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  26.45 
 
 		 829 aa  63.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  24.58 
 
 		 457 aa  63.5  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03861  glycosyl hydrolase family 10  28.27 
 
 		 325 aa  63.9  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3212  Endo-1,4-beta-xylanase  25.08 
 
 		 357 aa  63.9  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  27.37 
 
 		 368 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2079  endo-1,4-beta-xylanase  23.46 
 
 		 364 aa  62.4  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2962  glycoside hydrolase family 10  24.73 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0820888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  26.97 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  23.61 
 
 		 474 aa  61.6  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  22.29 
 
 		 815 aa  61.6  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  27.51 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  23 
 
 		 756 aa  61.2  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  25.53 
 
 		 1019 aa  61.2  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  23.22 
 
 		 1001 aa  59.7  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  26.67 
 
 		 697 aa  59.7  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  26.07 
 
 		 619 aa  58.9  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4508  endo-1,4-beta-xylanase  25.62 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2253  glycoside hydrolase family 10  23.71 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  48.15 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  24.03 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  22.19 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3590  glycoside hydrolase family protein  28.2 
 
 		 325 aa  56.6  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.013688  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0638  Endo-1,4-beta-xylanase  25.96 
 
 		 1780 aa  57  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.806584 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1132  Endo-1,4-beta-xylanase  25.19 
 
 		 401 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  25.7 
 
 		 337 aa  56.6  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  22.85 
 
 		 321 aa  56.2  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  48.31 
 
 		 268 aa  56.2  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  22.08 
 
 		 451 aa  56.2  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  26.14 
 
 		 407 aa  55.5  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  24.49 
 
 		 323 aa  55.5  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2683  Endo-1,4-beta-xylanase  24.55 
 
 		 1331 aa  55.5  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  25.7 
 
 		 423 aa  54.3  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  23.73 
 
 		 495 aa  54.3  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1648  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  25.53 
 
 		 1146 aa  53.5  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.479186  hitchhiker  0.00101634 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1068  Endo-1,4-beta-xylanase  28.96 
 
 		 912 aa  53.9  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0377061  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2048  glycoside hydrolase family 10  21.84 
 
 		 433 aa  53.9  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.900928  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>