87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2370 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2370  glycosy hydrolase family protein  100 
 
 
457 aa  940    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2369  glycosy hydrolase family protein  36.28 
 
 
1014 aa  256  5e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195451  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1074  glycoside hydrolase family 10  29.1 
 
 
498 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3209  glycoside hydrolase family protein  27.75 
 
 
606 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.818517  normal  0.245162 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0896  glycoside hydrolase family 10  27.11 
 
 
434 aa  137  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0323  TonB-like  26.79 
 
 
670 aa  136  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000416946  normal  0.597274 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2105  xylanase  27.17 
 
 
674 aa  136  8e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2590  glycoside hydrolase family protein  26.17 
 
 
639 aa  136  8e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.549614  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3704  glycoside hydrolase family protein  26.37 
 
 
417 aa  119  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0988  glycoside hydrolase family 10  22.57 
 
 
975 aa  117  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.661558  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2119  glycoside hydrolase family protein  24.69 
 
 
760 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2172  glycoside hydrolase family 10  23.52 
 
 
482 aa  109  9.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2391  Fibronectin type III domain protein  21.21 
 
 
748 aa  104  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.999424  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3662  glycoside hydrolase family protein  24.66 
 
 
451 aa  100  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.132636  normal  0.859273 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2392  Fibronectin type III domain protein  21.35 
 
 
831 aa  90.9  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  28.63 
 
 
477 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2724  glycoside hydrolase family 10  23.71 
 
 
408 aa  77  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.85294  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  27.07 
 
 
399 aa  72.8  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3212  Endo-1,4-beta-xylanase  24.64 
 
 
357 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.908141  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  27.39 
 
 
491 aa  66.6  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  26.72 
 
 
1019 aa  66.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  26.09 
 
 
678 aa  65.1  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  26.32 
 
 
371 aa  65.1  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1433  glycoside hydrolase family 10  21.27 
 
 
433 aa  63.5  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.43821  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2048  glycoside hydrolase family 10  21.88 
 
 
433 aa  63.2  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.900928  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  23.45 
 
 
321 aa  62.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  25.32 
 
 
383 aa  62.8  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0012  glycoside hydrolase family 10  20.51 
 
 
417 aa  62.4  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.577284 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  25.57 
 
 
488 aa  62.4  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  26.11 
 
 
490 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  24.68 
 
 
375 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  24.7 
 
 
394 aa  61.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  24.83 
 
 
323 aa  60.5  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  24.14 
 
 
837 aa  60.5  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  23.21 
 
 
820 aa  59.3  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  24.38 
 
 
487 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  22.31 
 
 
366 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  27 
 
 
690 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  22.88 
 
 
497 aa  58.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.760387 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  30 
 
 
309 aa  58.9  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  23.53 
 
 
457 aa  58.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  25.83 
 
 
337 aa  59.3  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2962  glycoside hydrolase family 10  24.47 
 
 
357 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0820888  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  24.35 
 
 
1001 aa  57.8  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  25.7 
 
 
619 aa  57.4  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  26.6 
 
 
317 aa  57  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  26.11 
 
 
778 aa  57  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2710  Endo-1,4-beta-xylanase  23.11 
 
 
331 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  22.65 
 
 
472 aa  56.2  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0153  glycoside hydrolase family 10  21.99 
 
 
428 aa  56.2  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  21.55 
 
 
338 aa  55.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  23.53 
 
 
373 aa  55.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  23.99 
 
 
328 aa  55.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  24.03 
 
 
333 aa  55.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44391  predicted protein  22.3 
 
 
486 aa  55.8  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0416192  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  23.9 
 
 
543 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  27.5 
 
 
689 aa  53.9  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  22.61 
 
 
815 aa  52.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  25.26 
 
 
389 aa  52.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  23.57 
 
 
574 aa  52.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  23.32 
 
 
359 aa  52.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  25.33 
 
 
697 aa  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  21.28 
 
 
357 aa  50.8  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  27.67 
 
 
1041 aa  50.8  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20470  beta-1,4-xylanase  19.45 
 
 
399 aa  50.4  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  21.66 
 
 
465 aa  50.4  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  22.98 
 
 
829 aa  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01610  beta-1,4-xylanase  20.68 
 
 
415 aa  49.7  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2633  endo-1,4-beta-xylanase  25.22 
 
 
374 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112994  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  22.17 
 
 
756 aa  49.3  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  24.81 
 
 
1478 aa  49.7  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  25.77 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  27.39 
 
 
1037 aa  47.8  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1068  Endo-1,4-beta-xylanase  25.15 
 
 
912 aa  47.8  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0377061  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  23.19 
 
 
369 aa  47.8  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4240  Endo-1,4-beta-xylanase  21.7 
 
 
324 aa  47.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340306  normal  0.631707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1404  Endo-1,4-beta-xylanase  23.27 
 
 
370 aa  47  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.374178 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  23.48 
 
 
1018 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  23.78 
 
 
474 aa  45.8  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6407  Endo-1,4-beta-xylanase  23.5 
 
 
387 aa  44.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.760258 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  22.13 
 
 
1186 aa  45.1  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  29.31 
 
 
1020 aa  44.7  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  25.71 
 
 
1059 aa  43.5  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  23.37 
 
 
347 aa  43.5  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  25.71 
 
 
1059 aa  43.5  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  26.42 
 
 
451 aa  43.1  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  23.37 
 
 
347 aa  43.1  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>