102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3239 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3237  cellulase  69.38 
 
 		 630 aa  779    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  100 
 
 		 638 aa  1295    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  45.84 
 
 		 610 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1529  Cellulase  64.09 
 
 		 426 aa  432  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1886  Cellulase  66.46 
 
 		 451 aa  427  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.271202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1404  cellulase  62.27 
 
 		 457 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3238  hypothetical protein  70.74 
 
 		 652 aa  320  5e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359216  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2103  endoglucanase  47.54 
 
 		 346 aa  301  2e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1107  endoglucanase  46.32 
 
 		 1302 aa  289  1e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.480089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  37.12 
 
 		 1167 aa  278  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4946  cellulase  37.93 
 
 		 322 aa  238  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00452483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2337  glycoside hydrolase family 5  41.56 
 
 		 505 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.422091  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2612  glycoside hydrolase family 5  36.17 
 
 		 505 aa  220  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.125365  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0428  glycoside hydrolase family 5  37.94 
 
 		 930 aa  182  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0594  Cellulase  38.1 
 
 		 755 aa  177  6e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4424  glycoside hydrolase family protein  35.87 
 
 		 709 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  32.29 
 
 		 748 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  32.22 
 
 		 466 aa  146  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1941  Cellulase  33.46 
 
 		 347 aa  146  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1368  Cellulase  32.57 
 
 		 426 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2285  glycoside hydrolase family protein  30.63 
 
 		 462 aa  139  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  31.06 
 
 		 459 aa  133  9e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2872  hypothetical protein  54 
 
 		 877 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.44334  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3428  hypothetical protein  37.02 
 
 		 720 aa  104  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.660009  hitchhiker  0.0000342661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3918  hypothetical protein  57.83 
 
 		 409 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135148  normal  0.570167 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2395  glycoside hydrolase family 5  32.4 
 
 		 1221 aa  95.9  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.740563  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  49.47 
 
 		 675 aa  93.2  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4289  glycoside hydrolase family 5  30.6 
 
 		 717 aa  91.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal  0.0359435 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  29.94 
 
 		 1707 aa  77.8  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2394  Fibronectin type III domain protein  24.47 
 
 		 651 aa  74.3  0.000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.253992  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0302  glycoside hydrolase family 5  29.78 
 
 		 481 aa  73.2  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0480106  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2387  Fibronectin type III domain protein  30.6 
 
 		 703 aa  73.2  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  23.08 
 
 		 1004 aa  70.9  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  32.14 
 
 		 863 aa  68.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  32.24 
 
 		 802 aa  66.2  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  36.11 
 
 		 1024 aa  65.1  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0025  glycoside hydrolase family 5  25.36 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2510  Carbohydrate-binding family 9  24.09 
 
 		 626 aa  63.5  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2985  hypothetical protein  37.38 
 
 		 667 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000400495  hitchhiker  0.00618409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  31.86 
 
 		 982 aa  62.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  32.41 
 
 		 1799 aa  62.8  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  26.04 
 
 		 954 aa  62.4  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  31.37 
 
 		 819 aa  62  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2388  Fibronectin type III domain protein  22.38 
 
 		 768 aa  61.6  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.52789  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  31.37 
 
 		 719 aa  60.8  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  28.29 
 
 		 845 aa  59.7  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0276  Cellulase  28.23 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.166979  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  31.33 
 
 		 870 aa  58.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  30.72 
 
 		 1356 aa  58.9  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  29.49 
 
 		 840 aa  58.2  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  28.38 
 
 		 930 aa  58.2  0.0000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  37.7 
 
 		 823 aa  57.8  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  29.67 
 
 		 933 aa  57.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  33.12 
 
 		 972 aa  57.4  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  33.11 
 
 		 550 aa  56.6  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  30.12 
 
 		 627 aa  55.8  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  25.88 
 
 		 777 aa  56.2  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  29.56 
 
 		 786 aa  56.2  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  28.65 
 
 		 630 aa  55.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  27.72 
 
 		 855 aa  55.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1089  glycoside hydrolase family protein  31.82 
 
 		 566 aa  54.7  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.122836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  35.16 
 
 		 1380 aa  54.3  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  24.94 
 
 		 948 aa  53.9  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  31.55 
 
 		 500 aa  53.5  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1104  glycoside hydrolase family protein  23.96 
 
 		 468 aa  53.1  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0389149  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2006  cellulose-binding family II  24.88 
 
 		 1194 aa  52.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0781083  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  31.76 
 
 		 918 aa  52.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  29.5 
 
 		 877 aa  52.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  25.27 
 
 		 869 aa  52.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  31.37 
 
 		 1732 aa  52.4  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  31.4 
 
 		 739 aa  52  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4499  Cellulase  25.96 
 
 		 349 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.591469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  27.86 
 
 		 1091 aa  51.2  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4209  Cellulase  27.4 
 
 		 349 aa  51.2  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  27.42 
 
 		 919 aa  50.8  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1560  glycoside hydrolase family protein  27.69 
 
 		 343 aa  50.4  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000321145  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  25 
 
 		 461 aa  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0242  Band 7 protein  26.21 
 
 		 681 aa  49.7  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  24.08 
 
 		 1234 aa  49.3  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  38.38 
 
 		 3295 aa  49.7  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  27.1 
 
 		 705 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  28.67 
 
 		 1387 aa  48.1  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  23.91 
 
 		 468 aa  47.8  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  34.65 
 
 		 966 aa  47.8  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  36.84 
 
 		 2554 aa  47.8  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  26.83 
 
 		 627 aa  47.8  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0840  glycoside hydrolase family 5  24.38 
 
 		 584 aa  47.4  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0669  Cellulase  23.08 
 
 		 332 aa  46.6  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  29.66 
 
 		 1035 aa  47  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  30.82 
 
 		 522 aa  46.6  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  29.53 
 
 		 569 aa  46.2  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1074  glycoside hydrolase family protein  26.92 
 
 		 335 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  26.61 
 
 		 801 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  28.06 
 
 		 853 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  24.85 
 
 		 1132 aa  45.8  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2319  family 5 glycoside hydrolase  24.4 
 
 		 456 aa  44.7  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.182404  normal  0.298559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  27.54 
 
 		 673 aa  44.3  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05710  endoglucanase  21.86 
 
 		 601 aa  44.3  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.118041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03298  endoglucanase  32.32 
 
 		 347 aa  44.3  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.746133  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  25.86 
 
 		 1262 aa  44.3  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>