More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1759 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 355 aa  729    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  52.2 
 
 		 343 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  52.25 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  51.65 
 
 		 342 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  51.65 
 
 		 342 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  51.65 
 
 		 342 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  50.45 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  48.44 
 
 		 368 aa  332  5e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  50.15 
 
 		 347 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  49.55 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  46.94 
 
 		 347 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  46.13 
 
 		 340 aa  311  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  47.75 
 
 		 339 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  49.21 
 
 		 319 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  51.5 
 
 		 308 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 351 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 355 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.74 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 354 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  34.8 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.05 
 
 		 355 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.95 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 353 aa  166  8e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 348 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  32.18 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  30.65 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 372 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.5 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 504 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 359 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  31.11 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.12 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 451 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 349 aa  146  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 530 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 352 aa  143  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.94 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 417 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  27.7 
 
 		 342 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.38 
 
 		 457 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 417 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  40 
 
 		 508 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 518 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 172 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 514 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 487 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 427 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 352 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 518 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 518 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 352 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  39.7 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.02 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  39 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 490 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  43.98 
 
 		 583 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.7 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  39.2 
 
 		 518 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 518 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 518 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 518 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.87 
 
 		 466 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>