More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1927 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  100 
 
 		 340 aa  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  65.98 
 
 		 339 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  62.35 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  62.35 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  62.05 
 
 		 342 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  62.35 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  59.7 
 
 		 342 aa  421  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  59.58 
 
 		 342 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  60.24 
 
 		 368 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  60.06 
 
 		 319 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  55.29 
 
 		 347 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  55.59 
 
 		 343 aa  383  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  60.2 
 
 		 308 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  53.01 
 
 		 347 aa  363  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  53.24 
 
 		 350 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  46.13 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 351 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 354 aa  192  9e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.04 
 
 		 355 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 355 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.6 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 369 aa  165  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  28.61 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  28.4 
 
 		 337 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 504 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.82 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 341 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 360 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  149  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  27.19 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 359 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.03 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.15 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  28.91 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  36.82 
 
 		 368 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 451 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 510 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 510 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 510 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  37.95 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 696 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 1099 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 569 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 574 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 611 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  43.71 
 
 		 477 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 340 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 510 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 346 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 493 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 493 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  31.31 
 
 		 568 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 578 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 517 aa  127  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>