More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0758 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  100 
 
 		 404 aa  839    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  52.78 
 
 		 362 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 370 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 360 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 414 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.26 
 
 		 448 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 532 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  51.16 
 
 		 350 aa  133  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.21 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.27 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46 
 
 		 686 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  49.21 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 486 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 485 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  35.84 
 
 		 673 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  50.75 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  50.39 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  51.47 
 
 		 464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 775 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  47.45 
 
 		 351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 485 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 485 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  46.76 
 
 		 435 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 486 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  49.23 
 
 		 443 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  47.62 
 
 		 474 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  47.55 
 
 		 368 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 569 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 493 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  45.21 
 
 		 493 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  49.24 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 794 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  34.7 
 
 		 512 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  46.85 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  52.07 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 583 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 736 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.52 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 571 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  46.56 
 
 		 565 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 347 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 493 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  46.85 
 
 		 342 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 548 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.04 
 
 		 418 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 458 aa  123  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  47.29 
 
 		 325 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 340 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.84 
 
 		 901 aa  123  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 381 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  50.82 
 
 		 292 aa  123  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  42.96 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  52 
 
 		 581 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  42.2 
 
 		 626 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 735 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 738 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  46.15 
 
 		 461 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  46.15 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.95 
 
 		 425 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 237 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 569 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  28.72 
 
 		 346 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 599 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48 
 
 		 332 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  45.74 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  45.08 
 
 		 634 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.24 
 
 		 772 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 496 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.2 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 556 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.66 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  29.6 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.67 
 
 		 715 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>