More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0465 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  100 
 
 		 340 aa  708    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  50 
 
 		 341 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 341 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 341 aa  342  8e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 341 aa  338  7e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 341 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  45.59 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  48.51 
 
 		 341 aa  330  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 341 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 341 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  47.32 
 
 		 341 aa  325  6e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 341 aa  325  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  46.92 
 
 		 341 aa  322  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  46.36 
 
 		 341 aa  322  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  46.9 
 
 		 341 aa  319  5e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  47.01 
 
 		 337 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  45.13 
 
 		 339 aa  309  4e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 339 aa  308  8e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  44.91 
 
 		 337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  44.64 
 
 		 347 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.92 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 354 aa  170  4e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.2 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.86 
 
 		 333 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 355 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 347 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 351 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 352 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 352 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 372 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 355 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 368 aa  152  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  28.02 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 342 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.37 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  28.88 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 369 aa  142  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 369 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  29.54 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 360 aa  136  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 343 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 504 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 352 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 352 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.24 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 378 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 377 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.48 
 
 		 455 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.2 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.9 
 
 		 709 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  44 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.9 
 
 		 609 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.2 
 
 		 457 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 464 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 508 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 355 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 614 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 348 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37 
 
 		 425 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  40.3 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 653 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.33 
 
 		 234 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 172 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 377 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 380 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.14 
 
 		 1079 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  40 
 
 		 608 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 668 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 513 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>