More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0283 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  100 
 
 		 339 aa  701    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  68.45 
 
 		 337 aa  500  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  68.15 
 
 		 337 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  51.33 
 
 		 341 aa  371  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  49.85 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  50.15 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  49.85 
 
 		 341 aa  366  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  48.97 
 
 		 341 aa  360  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  48.38 
 
 		 341 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  48.08 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  48.38 
 
 		 341 aa  353  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  47.79 
 
 		 341 aa  348  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  46.9 
 
 		 339 aa  347  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 341 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  47.04 
 
 		 347 aa  331  1e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 341 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  45.75 
 
 		 341 aa  320  3e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 340 aa  309  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 355 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.96 
 
 		 355 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.13 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.91 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  31.69 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 352 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 351 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 369 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 352 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 368 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.5 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.68 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 352 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.75 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  32 
 
 		 360 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.03 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.12 
 
 		 425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.13 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.05 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 378 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  24.4 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.57 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  41.01 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 523 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  34.35 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.34 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 544 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  43.11 
 
 		 458 aa  122  9e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 638 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 504 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 570 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  30 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 544 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  26.3 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 668 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 454 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 668 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  40.36 
 
 		 458 aa  119  6e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.55 
 
 		 457 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.86 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 508 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 410 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 659 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 753 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 487 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>