More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2198 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  95.01 
 
 		 341 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  92.96 
 
 		 341 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  100 
 
 		 341 aa  707    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  99.71 
 
 		 341 aa  705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  85.63 
 
 		 341 aa  615  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  84.16 
 
 		 341 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  83.87 
 
 		 341 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  83.87 
 
 		 341 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  83.58 
 
 		 341 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  75.37 
 
 		 341 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  73.31 
 
 		 341 aa  532  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  73.37 
 
 		 347 aa  500  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  70.67 
 
 		 341 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  67.26 
 
 		 339 aa  497  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  68.24 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  63.13 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  49.85 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  49.7 
 
 		 337 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  48.51 
 
 		 337 aa  359  4e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 340 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 355 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 351 aa  163  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.3 
 
 		 355 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 353 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 355 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 354 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 360 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 352 aa  149  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.79 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 352 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30 
 
 		 350 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 352 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.79 
 
 		 355 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  28.66 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.43 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.06 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 352 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 355 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  27.38 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 353 aa  126  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.04 
 
 		 570 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.55 
 
 		 234 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 359 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 349 aa  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.67 
 
 		 425 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 628 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 668 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 668 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.72 
 
 		 458 aa  120  3e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  38.42 
 
 		 460 aa  119  7e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.46 
 
 		 458 aa  119  7.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.67 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 427 aa  117  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  33.95 
 
 		 489 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 506 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 544 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  34.2 
 
 		 466 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 523 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 454 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 507 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.14 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1126  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 415 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 722 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.77 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 623 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 570 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 523 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.92 
 
 		 506 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 489 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>