More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2332 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 324 aa  668    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.88 
 
 		 425 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.55 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 608 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  46.82 
 
 		 448 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  31.6 
 
 		 418 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  33.69 
 
 		 422 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.09 
 
 		 548 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 569 aa  145  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.51 
 
 		 459 aa  143  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.34 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 620 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.26 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 523 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.99 
 
 		 407 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  45.4 
 
 		 457 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 544 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 843 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.5 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 454 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.37 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 464 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 499 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 772 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 427 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.25 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 728 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 523 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 659 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.37 
 
 		 457 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.13 
 
 		 461 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 638 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.12 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 321 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 615 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.2 
 
 		 234 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 544 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  45 
 
 		 529 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 605 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.55 
 
 		 710 aa  132  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 420 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  44.79 
 
 		 355 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 901 aa  131  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 1037 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.51 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 459 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.35 
 
 		 493 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.17 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 		 424 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 		 594 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.44 
 
 		 686 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 732 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 775 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  44.44 
 
 		 454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 768 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.76 
 
 		 668 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 578 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.89 
 
 		 610 aa  129  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 476 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  43.98 
 
 		 273 aa  129  8.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 490 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.74 
 
 		 581 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.91 
 
 		 721 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 354 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 369 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  29.08 
 
 		 451 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 524 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 382 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  42.29 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 172 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 624 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  29.08 
 
 		 419 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  44.23 
 
 		 489 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 493 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 555 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 668 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 624 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 574 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 547 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 249 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  42.68 
 
 		 456 aa  128  2.0000000000000002e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 641 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>