More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2050 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  90.25 
 
 		 544 aa  961    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  82.15 
 
 		 527 aa  882    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  91.01 
 
 		 523 aa  965    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  100 
 
 		 523 aa  1054    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  49.51 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 526 aa  509  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 545 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  50.81 
 
 		 524 aa  483  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  39.73 
 
 		 520 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  51.12 
 
 		 448 aa  431  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.92 
 
 		 489 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 517 aa  418  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 532 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  44.44 
 
 		 533 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  48.48 
 
 		 529 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 532 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 536 aa  382  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 547 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 591 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 583 aa  144  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 362 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.62 
 
 		 418 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 485 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  45.76 
 
 		 461 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 542 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 324 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 668 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 668 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 580 aa  135  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 459 aa  135  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 753 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 559 aa  134  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 490 aa  134  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 642 aa  134  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 556 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.24 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 523 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 405 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.88 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.65 
 
 		 1078 aa  131  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 487 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  41.44 
 
 		 568 aa  130  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  44.38 
 
 		 609 aa  130  8.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  44.38 
 
 		 709 aa  130  8.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 351 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 735 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  33.05 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  33.05 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  33.05 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  33.05 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 574 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  33.05 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 615 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  49.1 
 
 		 455 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  47.43 
 
 		 385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 574 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  44.39 
 
 		 580 aa  128  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 307 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.74 
 
 		 796 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  46.95 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.02 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 301 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  46.06 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 339 aa  127  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 321 aa  127  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  47.31 
 
 		 462 aa  127  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 353 aa  126  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 480 aa  126  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 381 aa  126  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 464 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.03 
 
 		 519 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 354 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 559 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 659 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 631 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 571 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  40 
 
 		 337 aa  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 438 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 796 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  42.01 
 
 		 1073 aa  124  3e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 564 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.83 
 
 		 634 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 800 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  26.5 
 
 		 480 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  40.7 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 646 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 425 aa  124  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 403 aa  124  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 359 aa  124  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 365 aa  124  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>