More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2207 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  100 
 
 		 735 aa  1480    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 738 aa  652    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 753 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 736 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  52.91 
 
 		 227 aa  241  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  55.23 
 
 		 456 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  54.75 
 
 		 452 aa  190  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 366 aa  158  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.52 
 
 		 1078 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.22 
 
 		 362 aa  157  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  50.59 
 
 		 689 aa  153  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.47 
 
 		 496 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  43.93 
 
 		 340 aa  152  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 432 aa  152  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  44.72 
 
 		 634 aa  150  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 487 aa  150  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.29 
 
 		 669 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  42.64 
 
 		 580 aa  147  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 610 aa  147  9e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 659 aa  147  9e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 591 aa  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 332 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 438 aa  146  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 772 aa  145  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 405 aa  145  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 403 aa  144  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 492 aa  144  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.57 
 
 		 418 aa  144  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44 
 
 		 432 aa  144  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 559 aa  144  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 532 aa  143  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.25 
 
 		 493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 569 aa  142  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 768 aa  142  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.26 
 
 		 686 aa  141  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 485 aa  140  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 559 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 493 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 631 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  44.17 
 
 		 565 aa  140  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 307 aa  140  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 646 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  43.82 
 
 		 410 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  44.83 
 
 		 949 aa  139  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 351 aa  139  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 370 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 372 aa  138  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 476 aa  138  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.1 
 
 		 320 aa  138  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 502 aa  137  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 493 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 379 aa  137  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  43.11 
 
 		 292 aa  137  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.27 
 
 		 791 aa  137  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 347 aa  137  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 491 aa  137  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.61 
 
 		 901 aa  136  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 508 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.2 
 
 		 459 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 353 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 486 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 714 aa  136  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  45.91 
 
 		 415 aa  136  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 486 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 775 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 539 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 710 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 486 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 357 aa  135  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 378 aa  135  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  44.65 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 420 aa  134  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 470 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 490 aa  134  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 365 aa  134  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 351 aa  134  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 486 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 495 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 439 aa  134  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 385 aa  134  7.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 237 aa  134  7.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 732 aa  134  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  46.06 
 
 		 448 aa  133  9e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 544 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 495 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 336 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 392 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.2 
 
 		 622 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 583 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  45.25 
 
 		 355 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  45.2 
 
 		 624 aa  132  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.64 
 
 		 474 aa  132  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 764 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>