More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1213 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
457 aa  924    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.47 
 
 
469 aa  474  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  52.83 
 
 
457 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  52.83 
 
 
457 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  52.61 
 
 
457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  50.55 
 
 
466 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  52.17 
 
 
457 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  51.74 
 
 
457 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.87 
 
 
457 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  50.22 
 
 
457 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.09 
 
 
457 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.91 
 
 
457 aa  425  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  50.22 
 
 
455 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.17 
 
 
457 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  49.78 
 
 
457 aa  421  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  48.81 
 
 
457 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  49.13 
 
 
457 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.98 
 
 
457 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.43 
 
 
454 aa  409  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  50.76 
 
 
457 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.76 
 
 
457 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  48.48 
 
 
454 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  47.83 
 
 
457 aa  392  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.97 
 
 
461 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45 
 
 
458 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  43.76 
 
 
460 aa  371  1e-101  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  44.57 
 
 
458 aa  371  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  41.72 
 
 
461 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  41.72 
 
 
456 aa  344  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  39.74 
 
 
456 aa  324  2e-87  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 
464 aa  316  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37.24 
 
 
462 aa  266  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 
464 aa  221  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.2 
 
 
461 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 
461 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.64 
 
 
461 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.98 
 
 
467 aa  207  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 
309 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
314 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 
308 aa  179  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.21 
 
 
308 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.21 
 
 
308 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
310 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.61 
 
 
317 aa  160  4e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
322 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
301 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
317 aa  159  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
317 aa  159  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.78 
 
 
302 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.13 
 
 
314 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.54 
 
 
316 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.57 
 
 
703 aa  152  8.999999999999999e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.92 
 
 
436 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  34.78 
 
 
634 aa  152  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.3 
 
 
719 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  26.97 
 
 
470 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 
306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  34.7 
 
 
580 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 
306 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  28.17 
 
 
705 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 
322 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 
322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  33.21 
 
 
301 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
308 aa  146  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 
565 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.05 
 
 
704 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.61 
 
 
467 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 
351 aa  146  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 
345 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  48.48 
 
 
448 aa  144  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.57 
 
 
704 aa  143  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  40 
 
 
340 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
372 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 
917 aa  143  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 
359 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  28.17 
 
 
705 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 
319 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.07 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 
362 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.85 
 
 
715 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.09 
 
 
860 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.95 
 
 
322 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  33.23 
 
 
347 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 
308 aa  139  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.02 
 
 
333 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.56 
 
 
665 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 
634 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  34.72 
 
 
301 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  32.92 
 
 
327 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  26.62 
 
 
414 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  33.86 
 
 
335 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  30.1 
 
 
300 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  45.73 
 
 
489 aa  138  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  47.88 
 
 
544 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
527 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.56 
 
 
676 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
300 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.35 
 
 
315 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
355 aa  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  48.84 
 
 
360 aa  137  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>