More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0967 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.55 
 
 		 457 aa  657    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.8 
 
 		 457 aa  636    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  95.19 
 
 		 457 aa  821    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 457 aa  904    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  100 
 
 		 457 aa  904    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.02 
 
 		 457 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  58.22 
 
 		 466 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  59.96 
 
 		 457 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  59.74 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  59.52 
 
 		 457 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  59.3 
 
 		 457 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  58.64 
 
 		 457 aa  509  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  57.77 
 
 		 457 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  52.95 
 
 		 457 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  51.86 
 
 		 457 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  52.08 
 
 		 457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.46 
 
 		 457 aa  468  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  53.39 
 
 		 457 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.43 
 
 		 469 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  52.3 
 
 		 455 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.52 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.11 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  50.22 
 
 		 454 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  44.54 
 
 		 461 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  45.83 
 
 		 458 aa  400  9.999999999999999e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  44.33 
 
 		 456 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45.18 
 
 		 458 aa  398  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  42.42 
 
 		 460 aa  395  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.91 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  38.78 
 
 		 456 aa  322  8e-87  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 464 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36.15 
 
 		 462 aa  272  8.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 461 aa  216  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 461 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 461 aa  203  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 464 aa  192  8e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.57 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 314 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.83 
 
 		 703 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 467 aa  176  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  31.28 
 
 		 705 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 316 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 306 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 362 aa  170  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 351 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  29.72 
 
 		 705 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 322 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 308 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 308 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 314 aa  163  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 322 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 322 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 317 aa  162  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  32.79 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.68 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 345 aa  160  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.31 
 
 		 335 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 		 716 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 310 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 319 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 436 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  38.67 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 322 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.72 
 
 		 334 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  36.33 
 
 		 414 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 461 aa  156  8e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  34.71 
 
 		 347 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 353 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  28.19 
 
 		 470 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 634 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 317 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 317 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1269  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 		 705 aa  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.39 
 
 		 327 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 322 aa  153  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 		 335 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 338 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  32.78 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.13 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 334 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  35.13 
 
 		 357 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  33.96 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 355 aa  150  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 308 aa  150  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  46.7 
 
 		 459 aa  149  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.43 
 
 		 704 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>