More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0424 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 469 aa  930    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  54.9 
 
 		 466 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  57.68 
 
 		 457 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.26 
 
 		 457 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  57.89 
 
 		 457 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  57.89 
 
 		 457 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  57.46 
 
 		 457 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  57.24 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  56.8 
 
 		 457 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.47 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.73 
 
 		 457 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.15 
 
 		 457 aa  467  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  54.77 
 
 		 457 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.04 
 
 		 457 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  52.63 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  52.19 
 
 		 457 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.32 
 
 		 457 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  51.1 
 
 		 457 aa  435  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  51.32 
 
 		 455 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  52.43 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.43 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  49.78 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.55 
 
 		 454 aa  418  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.01 
 
 		 461 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  45.49 
 
 		 460 aa  408  1.0000000000000001e-112  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  47.08 
 
 		 461 aa  397  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  46.87 
 
 		 456 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  43.33 
 
 		 458 aa  382  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  43.3 
 
 		 458 aa  380  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  41.48 
 
 		 456 aa  333  6e-90  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 464 aa  284  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37.91 
 
 		 462 aa  280  5e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 464 aa  203  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 467 aa  201  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 461 aa  193  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 461 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 314 aa  183  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.38 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.72 
 
 		 308 aa  181  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 306 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 309 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 310 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 306 aa  170  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  31.51 
 
 		 705 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.4 
 
 		 703 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.66 
 
 		 719 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  30.75 
 
 		 705 aa  163  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  31.13 
 
 		 719 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.33 
 
 		 565 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 317 aa  156  7e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 349 aa  156  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  34.13 
 
 		 710 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.76 
 
 		 715 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 556 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 322 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  29.36 
 
 		 551 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  30.9 
 
 		 542 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 322 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.83 
 
 		 704 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.55 
 
 		 476 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  31.01 
 
 		 542 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 540 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.24 
 
 		 316 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.6 
 
 		 704 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 436 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 461 aa  146  7.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 322 aa  146  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  29.09 
 
 		 551 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  28 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 301 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 634 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 443 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  28.43 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 322 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 451 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  26.04 
 
 		 422 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.76 
 
 		 715 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 459 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  33.99 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 438 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  35.14 
 
 		 301 aa  144  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.76 
 
 		 715 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 455 aa  143  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 451 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>