More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2820 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  100 
 
 		 462 aa  927    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.02 
 
 		 464 aa  388  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 454 aa  313  2.9999999999999996e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.96 
 
 		 457 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.54 
 
 		 458 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 457 aa  305  9.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.19 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.95 
 
 		 458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.17 
 
 		 457 aa  303  6.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 461 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.23 
 
 		 457 aa  301  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.58 
 
 		 461 aa  301  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 461 aa  299  8e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 461 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 464 aa  296  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 467 aa  295  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 457 aa  289  8e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  34.85 
 
 		 460 aa  286  4e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.41 
 
 		 455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37 
 
 		 466 aa  282  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 469 aa  280  4e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  37.95 
 
 		 461 aa  278  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  36.84 
 
 		 454 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.72 
 
 		 457 aa  276  6e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.36 
 
 		 457 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  39.22 
 
 		 457 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.7 
 
 		 457 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  35.36 
 
 		 456 aa  270  4e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.94 
 
 		 457 aa  270  5e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  37.53 
 
 		 456 aa  269  5.9999999999999995e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.64 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 457 aa  266  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 457 aa  266  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2857  sensory box/response regulator  30.14 
 
 		 754 aa  157  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.917485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 		 703 aa  156  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.84 
 
 		 308 aa  154  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 310 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 317 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 680 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  31 
 
 		 710 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 632 aa  146  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.59 
 
 		 863 aa  146  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 715 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 300 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 555 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  30.32 
 
 		 705 aa  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  45.98 
 
 		 391 aa  143  8e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 322 aa  143  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  35.12 
 
 		 329 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 681 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.88 
 
 		 531 aa  140  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 696 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  32.64 
 
 		 323 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 		 797 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  29.41 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 578 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 324 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  45.51 
 
 		 609 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  44.97 
 
 		 709 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 		 320 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 314 aa  137  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 395 aa  137  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 395 aa  137  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  32.22 
 
 		 418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 308 aa  136  7.000000000000001e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 362 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 407 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 419 aa  136  8e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  40.25 
 
 		 305 aa  136  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 306 aa  136  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.39 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 638 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35 
 
 		 569 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 319 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 306 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 661 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 559 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 353 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.99 
 
 		 563 aa  133  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>