More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0093 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  100 
 
 		 426 aa  872    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 389 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  44.36 
 
 		 389 aa  329  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  44.36 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  42.67 
 
 		 435 aa  327  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 389 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 391 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 401 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  38.72 
 
 		 393 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 381 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 316 aa  144  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 385 aa  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 917 aa  142  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 374 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 422 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.66 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 483 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  42.77 
 
 		 462 aa  137  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 459 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 251 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 389 aa  135  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  38.97 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.7 
 
 		 896 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 772 aa  135  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 758 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 353 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  39.62 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.2 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 373 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 408 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 454 aa  133  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 304 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 		 400 aa  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.18 
 
 		 949 aa  133  7.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 403 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.34 
 
 		 457 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  46.54 
 
 		 688 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 569 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 642 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 698 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 611 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  31.23 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 634 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 524 aa  131  3e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  41.67 
 
 		 320 aa  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 594 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.67 
 
 		 624 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 769 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 464 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 797 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 362 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  27.16 
 
 		 542 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 642 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 510 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  40.33 
 
 		 564 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 510 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 510 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 364 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 525 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 305 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 249 aa  129  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 391 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 391 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 556 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  43.31 
 
 		 516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  39.39 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 632 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 681 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.3 
 
 		 686 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 792 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  43.87 
 
 		 645 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.88 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>