More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2174 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
467 aa  940    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37.98 
 
 
462 aa  295  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.83 
 
 
464 aa  276  6e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 
461 aa  263  6e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 
461 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 
461 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.2 
 
 
464 aa  240  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  30.28 
 
 
458 aa  232  9e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.58 
 
 
454 aa  227  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.75 
 
 
457 aa  225  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  29.78 
 
 
458 aa  225  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  29.96 
 
 
460 aa  220  5e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  32.46 
 
 
457 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  32.46 
 
 
457 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  30.9 
 
 
457 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  31.49 
 
 
466 aa  210  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  33.33 
 
 
454 aa  209  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  32.24 
 
 
457 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  30.69 
 
 
457 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.98 
 
 
457 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  32.97 
 
 
457 aa  205  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  31.88 
 
 
457 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  32.25 
 
 
457 aa  203  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.68 
 
 
469 aa  201  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  33.12 
 
 
461 aa  200  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  31.21 
 
 
455 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.45 
 
 
457 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  29.61 
 
 
456 aa  193  5e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.45 
 
 
457 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  30.72 
 
 
457 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  30.7 
 
 
457 aa  178  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  29.7 
 
 
461 aa  176  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.24 
 
 
457 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  29.7 
 
 
456 aa  169  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.32 
 
 
457 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.1 
 
 
457 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  29.1 
 
 
457 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.86 
 
 
349 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
300 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.17 
 
 
419 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.71 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
310 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.95 
 
 
742 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  37.98 
 
 
301 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
302 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  25.76 
 
 
414 aa  134  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
298 aa  133  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.73 
 
 
709 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.97 
 
 
317 aa  132  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.02 
 
 
314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.3 
 
 
609 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  43.01 
 
 
523 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.24 
 
 
769 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  37.06 
 
 
452 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
452 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 
345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  37.06 
 
 
452 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
452 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.06 
 
 
476 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  26.79 
 
 
422 aa  128  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  26.27 
 
 
406 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  38.86 
 
 
583 aa  127  6e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  43.11 
 
 
451 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.84 
 
 
949 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  41.58 
 
 
345 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
351 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  40 
 
 
574 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  29.39 
 
 
308 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.72 
 
 
928 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40 
 
 
467 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
753 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  40 
 
 
574 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
454 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
454 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.06 
 
 
415 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.9 
 
 
710 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  44.24 
 
 
381 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 
557 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.07 
 
 
428 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40 
 
 
661 aa  124  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
628 aa  124  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  31.97 
 
 
418 aa  124  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 
322 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 
322 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.3 
 
 
348 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 
860 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.3 
 
 
348 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  30.39 
 
 
323 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
866 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
860 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
345 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
1099 aa  122  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>