More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3217 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  97.39 
 
 		 345 aa  686    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  100 
 
 		 345 aa  704    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  71.88 
 
 		 345 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  57.23 
 
 		 341 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.36 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.36 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.32 
 
 		 323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.84 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.47 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 321 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  38.68 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.21 
 
 		 327 aa  203  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.08 
 
 		 321 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 417 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.42 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 		 320 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.95 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.53 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 323 aa  190  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  37.92 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.93 
 
 		 322 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 362 aa  188  9e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.95 
 
 		 737 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.53 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.15 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  34.65 
 
 		 324 aa  185  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 356 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.55 
 
 		 326 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  31.4 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  33.73 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  45.34 
 
 		 542 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  33.92 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  43.17 
 
 		 438 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  34.14 
 
 		 431 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.41 
 
 		 336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 1309 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 681 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  44.17 
 
 		 442 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  43.45 
 
 		 694 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  33.33 
 
 		 441 aa  143  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  42.26 
 
 		 732 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.62 
 
 		 506 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 743 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 		 680 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 		 640 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.1 
 
 		 743 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  40.22 
 
 		 240 aa  139  7e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  44.05 
 
 		 1317 aa  139  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  41.76 
 
 		 422 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.52 
 
 		 878 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.81 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 		 728 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  33.06 
 
 		 669 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 465 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 1428 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 624 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.67 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 603 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.23 
 
 		 1550 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0167  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.98 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.354796  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 1965 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.86 
 
 		 531 aa  130  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  42.59 
 
 		 276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  30.88 
 
 		 595 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.2 
 
 		 722 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 461 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  43.23 
 
 		 267 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  33.76 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  40.99 
 
 		 874 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.59 
 
 		 722 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 722 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  40.4 
 
 		 794 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 653 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  36.1 
 
 		 401 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 600 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  38.85 
 
 		 238 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  39.75 
 
 		 398 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  38.56 
 
 		 607 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 467 aa  125  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 532 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 492 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00678  Putative signal protein with GAF, GGDEF and EAL domains  32.57 
 
 		 595 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0927231  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  38.01 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 530 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  29.25 
 
 		 607 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  39.22 
 
 		 249 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 		 514 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 518 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>