More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1348 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  100 
 
 
457 aa  907    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  58.86 
 
 
457 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  60.18 
 
 
455 aa  548  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  58.64 
 
 
457 aa  547  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  55.97 
 
 
461 aa  529  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  55.75 
 
 
461 aa  518  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  56 
 
 
466 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  58.73 
 
 
457 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  57.77 
 
 
457 aa  513  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  55.97 
 
 
456 aa  508  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  57.86 
 
 
457 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  56.89 
 
 
457 aa  501  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  56.99 
 
 
457 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  56.24 
 
 
457 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.56 
 
 
457 aa  501  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.04 
 
 
457 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.59 
 
 
457 aa  475  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.93 
 
 
457 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.1 
 
 
469 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.52 
 
 
457 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  53.39 
 
 
457 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.39 
 
 
457 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  47.17 
 
 
460 aa  434  1e-120  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  48.58 
 
 
454 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  45.51 
 
 
458 aa  415  9.999999999999999e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45.55 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.45 
 
 
454 aa  411  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 
457 aa  411  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  43.11 
 
 
456 aa  363  2e-99  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.23 
 
 
462 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 
464 aa  284  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.76 
 
 
464 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 
461 aa  216  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 
461 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 
461 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.75 
 
 
314 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.08 
 
 
309 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
306 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
306 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38 
 
 
308 aa  189  7e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.34 
 
 
316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.84 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.7 
 
 
467 aa  184  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 
310 aa  183  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  32.18 
 
 
705 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  32.1 
 
 
705 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  31.62 
 
 
719 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 
707 aa  176  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.34 
 
 
308 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.34 
 
 
308 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  31.62 
 
 
719 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
317 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
317 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.58 
 
 
715 aa  172  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 
322 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.97 
 
 
565 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.14 
 
 
351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  29.4 
 
 
661 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.68 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.33 
 
 
853 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 
322 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.99 
 
 
473 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.61 
 
 
539 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
300 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 
314 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.4 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.33 
 
 
302 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.9 
 
 
715 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.92 
 
 
314 aa  162  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.92 
 
 
772 aa  161  2e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 
308 aa  161  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 
316 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.21 
 
 
863 aa  162  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.03 
 
 
540 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40 
 
 
323 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  32.9 
 
 
414 aa  158  2e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
301 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.45 
 
 
308 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.02 
 
 
345 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.92 
 
 
301 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 
355 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 
310 aa  156  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.95 
 
 
455 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.48 
 
 
301 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.9 
 
 
459 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 
319 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.88 
 
 
901 aa  154  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
580 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.7 
 
 
323 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.9 
 
 
308 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 
312 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 
642 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.44 
 
 
353 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.85 
 
 
334 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.78 
 
 
357 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.84 
 
 
338 aa  153  5.9999999999999996e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  35.78 
 
 
357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.29 
 
 
454 aa  153  7e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  34.56 
 
 
301 aa  153  7e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>