More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0457 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  716    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  30.65 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 342 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 343 aa  162  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 355 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 354 aa  161  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 350 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.54 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 350 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 354 aa  155  7e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 352 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  29.67 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  31.87 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.95 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 614 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34.19 
 
 		 690 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 508 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 351 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 642 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 645 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 360 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  38.26 
 
 		 355 aa  146  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 461 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 		 645 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 696 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 460 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 317 aa  143  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  30.89 
 
 		 671 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 583 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 653 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 792 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  34.45 
 
 		 668 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 730 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 352 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.64 
 
 		 457 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 797 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.08 
 
 		 570 aa  139  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 532 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.07 
 
 		 461 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 565 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 		 578 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 432 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 764 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 532 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 764 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 764 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 457 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 722 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 631 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 610 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 532 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  43.75 
 
 		 422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.2 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  26.18 
 
 		 372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 508 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 680 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 451 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  42.2 
 
 		 458 aa  133  5e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.56 
 
 		 454 aa  133  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 474 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  41.62 
 
 		 458 aa  132  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.17 
 
 		 586 aa  132  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 362 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.64 
 
 		 457 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  35.91 
 
 		 518 aa  132  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  32.05 
 
 		 677 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.64 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>