More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4104 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  62.14 
 
 		 628 aa  739    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  61.51 
 
 		 625 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  66.06 
 
 		 622 aa  807    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  61.74 
 
 		 625 aa  737    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  56.4 
 
 		 624 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  62.14 
 
 		 628 aa  738    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  71.83 
 
 		 631 aa  912    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  100 
 
 		 610 aa  1245    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  62.15 
 
 		 624 aa  741    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  55.79 
 
 		 641 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  62.48 
 
 		 628 aa  743    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  62.14 
 
 		 621 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  60.86 
 
 		 625 aa  731    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  56.85 
 
 		 641 aa  664    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  56.65 
 
 		 621 aa  694    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  60.86 
 
 		 625 aa  729    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 631 aa  363  4e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  33.06 
 
 		 628 aa  320  5e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 630 aa  318  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 636 aa  299  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 638 aa  282  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  32.72 
 
 		 588 aa  278  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 565 aa  269  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 629 aa  232  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 614 aa  229  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 612 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 611 aa  220  7.999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 623 aa  195  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  48.72 
 
 		 268 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.59 
 
 		 603 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  27.82 
 
 		 570 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 601 aa  184  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.23 
 
 		 853 aa  182  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 578 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 627 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.27 
 
 		 352 aa  169  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 591 aa  168  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 313 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.83 
 
 		 462 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.79 
 
 		 628 aa  164  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.83 
 
 		 462 aa  164  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.64 
 
 		 536 aa  163  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.55 
 
 		 566 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 542 aa  161  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 341 aa  160  8e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44 
 
 		 509 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.29 
 
 		 340 aa  159  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 642 aa  159  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 367 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 453 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 359 aa  156  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 410 aa  156  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41 
 
 		 547 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 346 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.78 
 
 		 1262 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  43.32 
 
 		 579 aa  155  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  46.77 
 
 		 347 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 510 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 510 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 510 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 451 aa  154  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.13 
 
 		 612 aa  154  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 492 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 492 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 460 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.36 
 
 		 327 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 312 aa  153  8.999999999999999e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 466 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  37.75 
 
 		 1054 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 492 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  47.65 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 338 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 510 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 510 aa  151  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 353 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 367 aa  151  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 333 aa  151  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.53 
 
 		 488 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  45.41 
 
 		 505 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 501 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.75 
 
 		 335 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.2 
 
 		 344 aa  150  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  43.89 
 
 		 494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 319 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 459 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 334 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 334 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 357 aa  149  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.65 
 
 		 328 aa  148  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 559 aa  148  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 469 aa  148  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  45.56 
 
 		 494 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 362 aa  148  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.17 
 
 		 335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 510 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>