More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3381 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  53.37 
 
 		 625 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  55.12 
 
 		 628 aa  673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  55.76 
 
 		 625 aa  667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  54.79 
 
 		 628 aa  668    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  53.92 
 
 		 625 aa  672    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  64.12 
 
 		 631 aa  824    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  56.95 
 
 		 624 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  100 
 
 		 622 aa  1275    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  54.95 
 
 		 628 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  53.37 
 
 		 625 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  66.06 
 
 		 610 aa  801    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  54.95 
 
 		 621 aa  671    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  55.82 
 
 		 624 aa  664    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  53.05 
 
 		 621 aa  672    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  53.9 
 
 		 641 aa  627  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  54.22 
 
 		 641 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 630 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  35.32 
 
 		 628 aa  339  8e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 631 aa  332  9e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 636 aa  292  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 565 aa  286  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  32.36 
 
 		 588 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 638 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  31.26 
 
 		 629 aa  249  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.18 
 
 		 603 aa  217  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 611 aa  217  5.9999999999999996e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  29.23 
 
 		 614 aa  208  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 612 aa  206  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  48.73 
 
 		 268 aa  184  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 623 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 601 aa  181  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.15 
 
 		 591 aa  178  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 627 aa  177  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.14 
 
 		 853 aa  171  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 570 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 578 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.77 
 
 		 462 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.77 
 
 		 462 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 542 aa  162  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.03 
 
 		 352 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 		 867 aa  161  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  26.31 
 
 		 564 aa  161  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  24.35 
 
 		 566 aa  159  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  44.66 
 
 		 453 aa  159  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 313 aa  158  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 452 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 452 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 353 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 410 aa  157  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 341 aa  157  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 333 aa  156  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 359 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  47.06 
 
 		 347 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 452 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.79 
 
 		 628 aa  154  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  29.92 
 
 		 795 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  46.52 
 
 		 327 aa  153  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 334 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 452 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 334 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 559 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 337 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 452 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 732 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  41.71 
 
 		 502 aa  151  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.75 
 
 		 334 aa  151  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  47.53 
 
 		 312 aa  150  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 732 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.23 
 
 		 335 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.86 
 
 		 367 aa  150  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 459 aa  150  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 582 aa  150  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  25.68 
 
 		 557 aa  150  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.65 
 
 		 664 aa  149  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.3 
 
 		 1637 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.29 
 
 		 509 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 330 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 466 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 501 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 547 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.29 
 
 		 546 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 		 301 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 340 aa  148  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 339 aa  148  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  48.26 
 
 		 323 aa  148  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 481 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 460 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  27.67 
 
 		 668 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 553 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 308 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 464 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 642 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 451 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 481 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.89 
 
 		 328 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>