More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1062 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  100 
 
 		 566 aa  1155    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 578 aa  308  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 612 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 570 aa  258  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 557 aa  230  5e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  28.1 
 
 		 588 aa  220  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.96 
 
 		 614 aa  220  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 565 aa  201  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 636 aa  197  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  27.97 
 
 		 564 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.69 
 
 		 611 aa  187  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.16 
 
 		 603 aa  184  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 630 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  25.12 
 
 		 638 aa  174  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  26.55 
 
 		 631 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  26.83 
 
 		 641 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 628 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 628 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  26.24 
 
 		 621 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 571 aa  157  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 628 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  27.91 
 
 		 624 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 625 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  25.7 
 
 		 623 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  23.62 
 
 		 673 aa  154  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  26.15 
 
 		 625 aa  154  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  23.7 
 
 		 629 aa  153  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  25.63 
 
 		 624 aa  153  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.12 
 
 		 601 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 569 aa  151  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 625 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 625 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  26.49 
 
 		 621 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  25.58 
 
 		 569 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  25.8 
 
 		 610 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 627 aa  146  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 629 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 321 aa  146  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 641 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 582 aa  144  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  30.26 
 
 		 577 aa  144  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 560 aa  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  25.61 
 
 		 795 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 1774 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  27.15 
 
 		 554 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  46.75 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 561 aa  139  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 581 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 490 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  24.61 
 
 		 622 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 531 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 322 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 464 aa  134  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 407 aa  134  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 545 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  45.33 
 
 		 371 aa  132  2.0000000000000002e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.78 
 
 		 802 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  23.48 
 
 		 631 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 477 aa  131  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 574 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 495 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0303  GGDEF family protein  25.23 
 
 		 554 aa  131  3e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 577 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 467 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  25.77 
 
 		 628 aa  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 571 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0272  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 554 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  24.59 
 
 		 782 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 320 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 680 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 485 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 396 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  43.75 
 
 		 358 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.42 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 381 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.56 
 
 		 1000 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 603 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 436 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 349 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 564 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 363 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 493 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 411 aa  128  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.61 
 
 		 662 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 485 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>