More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0467 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  56.3 
 
 		 628 aa  665    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  56.13 
 
 		 628 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  55.9 
 
 		 624 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  55.8 
 
 		 628 aa  657    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  54.18 
 
 		 625 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  56.3 
 
 		 621 aa  665    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  55.85 
 
 		 624 aa  685    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  52.09 
 
 		 631 aa  635    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  54.65 
 
 		 625 aa  663    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  64 
 
 		 641 aa  761    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  55.79 
 
 		 610 aa  657    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  54.5 
 
 		 625 aa  671    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  54.5 
 
 		 625 aa  671    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  100 
 
 		 641 aa  1316    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  53.9 
 
 		 622 aa  627  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.32 
 
 		 621 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 631 aa  350  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  34.81 
 
 		 628 aa  325  2e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 630 aa  308  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 636 aa  289  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  31.98 
 
 		 588 aa  266  8.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 638 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 565 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 612 aa  231  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 629 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 611 aa  208  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.26 
 
 		 614 aa  198  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.26 
 
 		 603 aa  192  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 570 aa  182  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  46.31 
 
 		 268 aa  179  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.49 
 
 		 578 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.7 
 
 		 591 aa  171  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 601 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 566 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 410 aa  165  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  26.13 
 
 		 623 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 313 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  44.33 
 
 		 367 aa  161  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 341 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 340 aa  158  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 462 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 462 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 352 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 553 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.78 
 
 		 344 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 359 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 533 aa  154  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.4 
 
 		 536 aa  154  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 322 aa  154  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 542 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.37 
 
 		 1262 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 547 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.81 
 
 		 509 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  26.89 
 
 		 634 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.65 
 
 		 328 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.21 
 
 		 628 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  41.08 
 
 		 494 aa  150  5e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 		 853 aa  151  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.04 
 
 		 1637 aa  150  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 319 aa  150  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 333 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 732 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 307 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 452 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 452 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  43.93 
 
 		 488 aa  148  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 372 aa  148  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 452 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 732 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 453 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 452 aa  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 518 aa  147  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  39.32 
 
 		 1054 aa  147  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 510 aa  147  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 308 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 501 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.16 
 
 		 335 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 452 aa  147  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  43.23 
 
 		 1643 aa  146  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  44 
 
 		 346 aa  146  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 469 aa  146  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 337 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.32 
 
 		 347 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.32 
 
 		 642 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 327 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 291 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 362 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 420 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 521 aa  145  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.86 
 
 		 317 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  145  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.36 
 
 		 579 aa  145  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 521 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 660 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  145  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 521 aa  145  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  49.07 
 
 		 306 aa  145  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>