More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2089 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  100 
 
 
306 aa  627  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  50 
 
 
312 aa  322  6e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
300 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.74 
 
 
308 aa  276  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.48 
 
 
322 aa  268  7e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.78 
 
 
319 aa  261  8.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.15 
 
 
310 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.49 
 
 
310 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  41.98 
 
 
315 aa  259  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.81 
 
 
310 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.23 
 
 
315 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.05 
 
 
310 aa  254  9e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  43.39 
 
 
329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.75 
 
 
316 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.2 
 
 
323 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.81 
 
 
312 aa  252  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.55 
 
 
310 aa  237  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
304 aa  236  3e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.78 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 
324 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  39.53 
 
 
318 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.38 
 
 
349 aa  229  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 
455 aa  227  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.2 
 
 
338 aa  226  3e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  39.86 
 
 
310 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.64 
 
 
334 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 
334 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.96 
 
 
335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  37.2 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  39.54 
 
 
347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 
334 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  39.18 
 
 
302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.57 
 
 
353 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
359 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  38.68 
 
 
335 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.94 
 
 
334 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  39.94 
 
 
334 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 
344 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.38 
 
 
299 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.39 
 
 
341 aa  209  6e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  37.26 
 
 
347 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.6 
 
 
330 aa  208  9e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 
362 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 
306 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 
333 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 
317 aa  207  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.7 
 
 
308 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  36.94 
 
 
327 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 
312 aa  205  8e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  36.91 
 
 
357 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  38.94 
 
 
327 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.91 
 
 
357 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 
301 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.03 
 
 
345 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 
434 aa  202  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.62 
 
 
372 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 
355 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 
322 aa  198  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  39.32 
 
 
305 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 
313 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 
308 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 
353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  37.67 
 
 
305 aa  192  8e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 
314 aa  191  9e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.07 
 
 
340 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 
303 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 
461 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 
360 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 
344 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  33.02 
 
 
344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.79 
 
 
301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 
316 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
434 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
434 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
322 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 
303 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
300 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  32.5 
 
 
457 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.49 
 
 
509 aa  165  9e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 
890 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  32.19 
 
 
457 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 
890 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  31.51 
 
 
466 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.41 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  32.49 
 
 
457 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.41 
 
 
351 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  32.39 
 
 
457 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.47 
 
 
300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  46.75 
 
 
518 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>