More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0828 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 324 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 319 aa  271  8.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  46.23 
 
 		 304 aa  257  1e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  42.23 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.99 
 
 		 310 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  40.55 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.76 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.93 
 
 		 316 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 349 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 310 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 455 aa  235  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 338 aa  233  3e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.37 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 353 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 330 aa  219  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  41.44 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.3 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  40.82 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 327 aa  208  9e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 347 aa  207  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 312 aa  199  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  39.19 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.07 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 434 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  35.27 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 509 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  36.08 
 
 		 347 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  36.18 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 461 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 359 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.4 
 
 		 327 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 372 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  36.17 
 
 		 334 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 345 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.69 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  35.82 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  33.83 
 
 		 344 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.65 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 362 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.3 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  47.02 
 
 		 582 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.27 
 
 		 734 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>