More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3956 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  720    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  88.48 
 
 		 355 aa  634    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  98.88 
 
 		 357 aa  712    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  88.27 
 
 		 353 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  87.71 
 
 		 354 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  87.71 
 
 		 354 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  85.49 
 
 		 345 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  76.8 
 
 		 372 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  73.62 
 
 		 362 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  70.25 
 
 		 335 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  67.27 
 
 		 359 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  65.36 
 
 		 347 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  65.44 
 
 		 327 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  61.96 
 
 		 334 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  63.09 
 
 		 335 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.72 
 
 		 334 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.21 
 
 		 333 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  62.54 
 
 		 334 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.09 
 
 		 334 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.09 
 
 		 334 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 338 aa  219  6e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 337 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.93 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.9 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 353 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.93 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 341 aa  195  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  36.28 
 
 		 318 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 340 aa  192  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 316 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 461 aa  187  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 319 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 310 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 434 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 357 aa  179  4.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.64 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 462 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 462 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 547 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.33 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 314 aa  178  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  33.76 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 349 aa  177  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  63.24 
 
 		 389 aa  176  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 		 352 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 634 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 322 aa  176  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.43 
 
 		 1262 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  45.36 
 
 		 536 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  34.8 
 
 		 344 aa  169  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 538 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  47.25 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  59.49 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 310 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  60.26 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  60.26 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  60.26 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  60.26 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 481 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  67.19 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  60.26 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 481 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  32.61 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  60.26 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5512  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  58.6 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.67 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3785  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.96 
 
 		 377 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.76138  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4578  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.96 
 
 		 377 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3738  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.96 
 
 		 363 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.524065  normal  0.172918 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3678  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  58.6 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.4977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4947  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.96 
 
 		 377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  41.8 
 
 		 1034 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 518 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  53.33 
 
 		 488 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2309  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.32 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.556346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>