More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3967 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  100 
 
 
335 aa  684    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.4 
 
 
359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  71.95 
 
 
347 aa  481  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  73.52 
 
 
362 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  73.97 
 
 
327 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.15 
 
 
334 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  69.85 
 
 
335 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  68.87 
 
 
372 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.85 
 
 
334 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.44 
 
 
333 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  68.29 
 
 
334 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  70.13 
 
 
334 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.54 
 
 
334 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.25 
 
 
357 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  70.25 
 
 
357 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.18 
 
 
355 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  67.8 
 
 
353 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  67.49 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  67.49 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.03 
 
 
345 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.53 
 
 
338 aa  222  6e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.41 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 
353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
330 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.29 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.27 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  38.68 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.4 
 
 
340 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.54 
 
 
344 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 
337 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 
319 aa  207  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 
341 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  38.73 
 
 
310 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.49 
 
 
316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.26 
 
 
434 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  37.9 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 
461 aa  197  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 
455 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
324 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.93 
 
 
303 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  33.87 
 
 
323 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  35.03 
 
 
315 aa  192  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 
308 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  53.63 
 
 
1262 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.11 
 
 
308 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  64.23 
 
 
389 aa  189  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.24 
 
 
322 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
322 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 
357 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  48.63 
 
 
317 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 
312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  47.87 
 
 
462 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  47.87 
 
 
462 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.35 
 
 
352 aa  183  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  38.24 
 
 
344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  62.59 
 
 
365 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.16 
 
 
310 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  62.59 
 
 
365 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  62.59 
 
 
365 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  62.59 
 
 
365 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 
349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  63.19 
 
 
364 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  63.19 
 
 
364 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  63.19 
 
 
364 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  69.53 
 
 
364 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  49.72 
 
 
536 aa  178  9e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.37 
 
 
734 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.5 
 
 
591 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  48.3 
 
 
422 aa  176  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.26 
 
 
481 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.04 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  50 
 
 
620 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.26 
 
 
481 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4947  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  67.44 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3785  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  55.17 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.76138  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4578  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  55.17 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5512  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  59.87 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3738  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  55.17 
 
 
363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.524065  normal  0.172918 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.12 
 
 
664 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3802  response regulator receiver modulated serine phosphatase  57.32 
 
 
393 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.477794  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  57.32 
 
 
393 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.39 
 
 
315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2309  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  67.44 
 
 
377 aa  173  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.556346 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.57 
 
 
421 aa  172  5e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.46 
 
 
636 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3678  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  59.24 
 
 
363 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.4977  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 
310 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.37 
 
 
344 aa  172  7.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 
308 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 
306 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 
308 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  37.99 
 
 
323 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 
309 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  34.15 
 
 
318 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.91 
 
 
306 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.48 
 
 
310 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>