More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0052 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  100 
 
 
299 aa  608  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.9 
 
 
308 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.69 
 
 
315 aa  228  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.07 
 
 
319 aa  225  8e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 
310 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 
310 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.03 
 
 
322 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.39 
 
 
308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  46.37 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  39.8 
 
 
329 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  40.58 
 
 
318 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 
316 aa  211  7.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.41 
 
 
310 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
306 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.38 
 
 
312 aa  207  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 
312 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.45 
 
 
323 aa  205  7e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  40 
 
 
347 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 
455 aa  199  6e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.45 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 
341 aa  193  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
337 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
300 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.91 
 
 
308 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 
338 aa  187  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.81 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.54 
 
 
349 aa  182  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  38.23 
 
 
344 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  37.54 
 
 
306 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.19 
 
 
301 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.24 
 
 
308 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 
313 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  39.32 
 
 
302 aa  175  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.46 
 
 
306 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  36.55 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.36 
 
 
327 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  37.71 
 
 
305 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.91 
 
 
461 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
340 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 
309 aa  166  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.95 
 
 
317 aa  164  1.0000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
434 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
434 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.88 
 
 
300 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.67 
 
 
434 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.31 
 
 
310 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.23 
 
 
344 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 
303 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 
300 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 
308 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 
312 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.8 
 
 
322 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.88 
 
 
509 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.57 
 
 
306 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 
330 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 
306 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 
314 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 
344 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  34.2 
 
 
319 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 
314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 
322 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.56 
 
 
334 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 
313 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.86 
 
 
634 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 
362 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.15 
 
 
314 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.36 
 
 
335 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.7 
 
 
334 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 
317 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 
317 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 
359 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  34.07 
 
 
334 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  32.59 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  33.44 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
340 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 
334 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  43.9 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  46.34 
 
 
649 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.17 
 
 
339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
340 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.64 
 
 
344 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  32.22 
 
 
327 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.13 
 
 
322 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.92 
 
 
372 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.18 
 
 
322 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
345 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  33.7 
 
 
310 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.56 
 
 
333 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  37.1 
 
 
507 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 
334 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>