More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3973 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 362 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  73.75 
 
 		 372 aa  495  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  73.62 
 
 		 357 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  73.93 
 
 		 357 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.87 
 
 		 359 aa  484  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.47 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.66 
 
 		 353 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  70.36 
 
 		 354 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  73.52 
 
 		 335 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  70.36 
 
 		 354 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.85 
 
 		 345 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.44 
 
 		 334 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  65.2 
 
 		 334 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.74 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  63.83 
 
 		 335 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  65.52 
 
 		 334 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.13 
 
 		 334 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.06 
 
 		 333 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  65.62 
 
 		 347 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  65.93 
 
 		 327 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 337 aa  219  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 344 aa  215  8e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 338 aa  210  3e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 341 aa  202  6e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 340 aa  195  8.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  37.78 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  35.19 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 319 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 357 aa  186  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.58 
 
 		 316 aa  186  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.44 
 
 		 1262 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 434 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 461 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  34.82 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  61.76 
 
 		 389 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 455 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.12 
 
 		 664 aa  175  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.14 
 
 		 344 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  46.41 
 
 		 536 aa  173  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 314 aa  173  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 457 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 547 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  55.13 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  46.45 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3802  response regulator receiver modulated serine phosphatase  55.13 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.477794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.11 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  33.12 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 462 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.7 
 
 		 457 aa  170  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 462 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  46.6 
 
 		 503 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  50.89 
 
 		 520 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.06 
 
 		 466 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  51.48 
 
 		 529 aa  169  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  50.89 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.9 
 
 		 457 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  56.89 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  52.51 
 
 		 488 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.54 
 
 		 457 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  58.39 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  58.39 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  51.19 
 
 		 492 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  58.39 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  58.39 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  58.39 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  58.39 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  60.26 
 
 		 364 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  46.49 
 
 		 1637 aa  166  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  51.81 
 
 		 498 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5512  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  55.09 
 
 		 377 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 648 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  49.46 
 
 		 555 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 527 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  37.5 
 
 		 457 aa  166  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  51.79 
 
 		 492 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>