More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3790 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  63.7 
 
 		 305 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  57.93 
 
 		 302 aa  338  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.1 
 
 		 301 aa  315  6e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.18 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 349 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.18 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 455 aa  206  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.12 
 
 		 322 aa  205  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.18 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 324 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  39.03 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.44 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 315 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.8 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 317 aa  187  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 351 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 308 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 347 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  35.05 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.74 
 
 		 593 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.74 
 
 		 593 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  35.89 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 419 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  33.56 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 338 aa  167  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 314 aa  167  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 436 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 917 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 434 aa  163  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 715 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 459 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  35.35 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 451 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 634 aa  159  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 452 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 		 1499 aa  159  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 451 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 306 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 434 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 434 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.91 
 
 		 344 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1860  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.55 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 327 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  30.92 
 
 		 1526 aa  154  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.99 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 360 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.33 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  32.9 
 
 		 542 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 353 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  33.88 
 
 		 542 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3542  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 		 590 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 556 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 461 aa  150  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  34.68 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 454 aa  149  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  34.32 
 
 		 457 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  33.45 
 
 		 551 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1942  metal dependent phosphohydrolase  53.79 
 
 		 363 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.284574  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 540 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>