More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00724 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  100 
 
 
329 aa  677    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  46.13 
 
 
306 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  43.62 
 
 
300 aa  258  9e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  43.39 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  42.56 
 
 
312 aa  242  7e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.04 
 
 
323 aa  219  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.8 
 
 
299 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 
308 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 
312 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 
316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.86 
 
 
315 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
310 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 
319 aa  212  9e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
310 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  39.59 
 
 
304 aa  211  1e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  38.62 
 
 
310 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
315 aa  202  6e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 
310 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.78 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.65 
 
 
349 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
341 aa  194  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.41 
 
 
308 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.47 
 
 
337 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.28 
 
 
344 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  35.55 
 
 
318 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 
322 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 
455 aa  186  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.83 
 
 
353 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.18 
 
 
324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 
338 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 
434 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 
308 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 
308 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 
330 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.21 
 
 
302 aa  175  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  36.46 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.89 
 
 
322 aa  172  9e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.5 
 
 
327 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
301 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 
317 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.96 
 
 
334 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.09 
 
 
313 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 
303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
334 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
308 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  30.38 
 
 
323 aa  165  8e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  33.96 
 
 
334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 
314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.92 
 
 
344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.82 
 
 
334 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.82 
 
 
334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 
335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  31.91 
 
 
319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 
333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 
306 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 
340 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.6 
 
 
341 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.78 
 
 
341 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 
360 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
310 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.56 
 
 
461 aa  156  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.03 
 
 
301 aa  155  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 
300 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  30.82 
 
 
305 aa  154  2e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.56 
 
 
300 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
316 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
457 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 
309 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.18 
 
 
372 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 
362 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  32.48 
 
 
347 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
434 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.43 
 
 
316 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
434 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  32.27 
 
 
335 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.56 
 
 
306 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.65 
 
 
419 aa  149  8e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  32.7 
 
 
457 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 
843 aa  149  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  32.17 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.06 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.91 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  32.48 
 
 
457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  32.32 
 
 
457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.44 
 
 
308 aa  146  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  30.94 
 
 
460 aa  146  5e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 
634 aa  146  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.11 
 
 
359 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.58 
 
 
322 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>