More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2634 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 843 aa  1687    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 		 951 aa  211  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1528  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.06 
 
 		 659 aa  209  2e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.98 
 
 		 1021 aa  208  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.01 
 
 		 1143 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.01 
 
 		 1143 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.9 
 
 		 1078 aa  200  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  31.83 
 
 		 654 aa  199  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.26 
 
 		 827 aa  192  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  32.81 
 
 		 847 aa  189  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0985  sensory box protein  31.96 
 
 		 976 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.928504  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.29 
 
 		 1007 aa  181  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.96 
 
 		 1000 aa  181  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 339 aa  180  8e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.61 
 
 		 890 aa  179  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 325 aa  179  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 422 aa  178  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.54 
 
 		 890 aa  177  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 		 1330 aa  177  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 352 aa  177  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0984  sensory box protein  32.3 
 
 		 810 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.13 
 
 		 828 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174312  normal  0.520145 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.44 
 
 		 308 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.6 
 
 		 1338 aa  174  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 		 2693 aa  173  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.88 
 
 		 328 aa  173  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4417  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.8 
 
 		 1548 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.409401 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1967  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.71 
 
 		 1026 aa  172  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.32 
 
 		 1184 aa  172  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 		 463 aa  172  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29 
 
 		 578 aa  171  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  25.53 
 
 		 1037 aa  171  4e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.22 
 
 		 308 aa  171  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 591 aa  171  7e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 660 aa  170  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 316 aa  170  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 660 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.5 
 
 		 905 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  34.88 
 
 		 317 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 327 aa  167  6.9999999999999995e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.57 
 
 		 1079 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  45.69 
 
 		 536 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.38 
 
 		 548 aa  165  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 410 aa  165  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.55 
 
 		 312 aa  165  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  50.58 
 
 		 496 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 337 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 305 aa  164  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 370 aa  164  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 465 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 		 314 aa  163  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  31.74 
 
 		 582 aa  163  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  46.29 
 
 		 323 aa  163  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 1261 aa  163  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.1 
 
 		 419 aa  163  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  50.85 
 
 		 1637 aa  162  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 578 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.16 
 
 		 750 aa  162  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 338 aa  162  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.65 
 
 		 686 aa  162  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.21 
 
 		 746 aa  161  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 732 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 498 aa  161  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  31.77 
 
 		 649 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  47.19 
 
 		 548 aa  160  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 732 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 553 aa  160  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 		 636 aa  160  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.45 
 
 		 310 aa  160  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 437 aa  160  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  50 
 
 		 496 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  49.42 
 
 		 496 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 340 aa  159  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.66 
 
 		 801 aa  159  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 313 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 		 1439 aa  159  2e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 353 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 		 367 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.45 
 
 		 310 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  46.11 
 
 		 335 aa  159  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.27 
 
 		 791 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 462 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  30.42 
 
 		 581 aa  159  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 		 341 aa  159  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  28.02 
 
 		 1346 aa  158  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  44.05 
 
 		 977 aa  158  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  25.82 
 
 		 1676 aa  158  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 310 aa  158  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 462 aa  158  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  29.95 
 
 		 418 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 372 aa  157  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 315 aa  157  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.49 
 
 		 550 aa  157  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  45.51 
 
 		 512 aa  157  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 319 aa  156  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 547 aa  157  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  47.54 
 
 		 488 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.85 
 
 		 1147 aa  156  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 315 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 		 424 aa  156  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>