More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2194 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 636 aa  1288    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 644 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.28 
 
 		 630 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 619 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  31.2 
 
 		 626 aa  260  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 635 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 512 aa  209  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 638 aa  198  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.05 
 
 		 352 aa  192  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.08 
 
 		 622 aa  183  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  35.05 
 
 		 494 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 565 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.26 
 
 		 1423 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  35.45 
 
 		 317 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.33 
 
 		 313 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 1428 aa  174  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  52.46 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 465 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 		 314 aa  172  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  51.08 
 
 		 536 aa  172  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 632 aa  171  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  47.98 
 
 		 347 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  51.69 
 
 		 555 aa  170  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.66 
 
 		 468 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.49 
 
 		 345 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 338 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.27 
 
 		 359 aa  169  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.07 
 
 		 637 aa  169  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 481 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 481 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  48.73 
 
 		 328 aa  167  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 533 aa  167  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 		 463 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 		 312 aa  167  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 341 aa  166  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  49.45 
 
 		 327 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  50.56 
 
 		 528 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  43.25 
 
 		 497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 522 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.48 
 
 		 310 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  50.59 
 
 		 480 aa  165  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 344 aa  165  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  51.67 
 
 		 503 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  51.1 
 
 		 1637 aa  164  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 503 aa  164  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 515 aa  163  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 337 aa  163  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 339 aa  163  9e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  52.49 
 
 		 1643 aa  162  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.62 
 
 		 664 aa  163  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  34.67 
 
 		 522 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.16 
 
 		 308 aa  162  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1964  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.18 
 
 		 884 aa  161  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.826699  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  47.42 
 
 		 501 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 319 aa  160  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.39 
 
 		 649 aa  160  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  48.81 
 
 		 548 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.69 
 
 		 355 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 252 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 		 325 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 398 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.72 
 
 		 357 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.18 
 
 		 362 aa  159  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 338 aa  159  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 642 aa  159  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 		 843 aa  159  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 462 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 462 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  47.18 
 
 		 357 aa  158  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 591 aa  158  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.96 
 
 		 628 aa  158  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 		 710 aa  158  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 516 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 561 aa  158  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 340 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  33.21 
 
 		 849 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  46.47 
 
 		 344 aa  157  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  48.84 
 
 		 305 aa  157  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.51 
 
 		 333 aa  156  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 492 aa  156  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  48.94 
 
 		 502 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 390 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 643 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 479 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 553 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 522 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  46.67 
 
 		 506 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.2 
 
 		 1262 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  48.07 
 
 		 334 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  46.96 
 
 		 334 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  50.88 
 
 		 492 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 492 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.14 
 
 		 341 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 620 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 340 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  47.94 
 
 		 494 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>