More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0116 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  100 
 
 		 398 aa  816    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  53.67 
 
 		 422 aa  193  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  54.8 
 
 		 536 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  52.63 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 		 628 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.6 
 
 		 497 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  51.12 
 
 		 518 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  52.1 
 
 		 328 aa  170  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  47.73 
 
 		 555 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.93 
 
 		 319 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 338 aa  169  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  50.6 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.93 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  47.16 
 
 		 528 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.84 
 
 		 353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 591 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.84 
 
 		 1262 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 252 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  51.46 
 
 		 340 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  46.03 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.49 
 
 		 314 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  51.46 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.89 
 
 		 890 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.16 
 
 		 421 aa  164  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.89 
 
 		 890 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 481 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 538 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.3 
 
 		 960 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.95 
 
 		 352 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 481 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.85 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.56 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  43.62 
 
 		 494 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 327 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.88 
 
 		 642 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 465 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 503 aa  160  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 410 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 340 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.94 
 
 		 312 aa  160  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.55 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 		 636 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 315 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 553 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 660 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 732 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 479 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 660 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 516 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 357 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 732 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  46.63 
 
 		 1643 aa  156  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  44.19 
 
 		 641 aa  156  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 902 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 357 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  45.35 
 
 		 480 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 515 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  50.3 
 
 		 488 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 534 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 522 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.95 
 
 		 622 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 565 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.59 
 
 		 843 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  47.09 
 
 		 546 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  47.16 
 
 		 335 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.24 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 344 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.51 
 
 		 664 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 472 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  49.37 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 547 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  49.21 
 
 		 502 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 416 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 434 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 515 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  31.12 
 
 		 579 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 372 aa  150  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 322 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  40.41 
 
 		 582 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  51.46 
 
 		 528 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  33.54 
 
 		 649 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  48.85 
 
 		 510 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 636 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  46.63 
 
 		 1637 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  51.46 
 
 		 487 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>