More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0610 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  100 
 
 		 649 aa  1317    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.83 
 
 		 622 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 628 aa  297  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.39 
 
 		 642 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5096  GGDEF family protein  45.74 
 
 		 512 aa  237  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 516 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 352 aa  175  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 339 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 		 890 aa  169  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.94 
 
 		 340 aa  168  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  38.02 
 
 		 367 aa  167  8e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  48.89 
 
 		 522 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  50.28 
 
 		 528 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  50.28 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 340 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 487 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  50.28 
 
 		 487 aa  164  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 487 aa  164  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 341 aa  164  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 487 aa  164  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 487 aa  164  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  46.82 
 
 		 1034 aa  163  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 		 890 aa  164  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 462 aa  163  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 327 aa  163  9e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 462 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 351 aa  163  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  46.41 
 
 		 344 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 620 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 322 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 322 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 510 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 313 aa  160  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 553 aa  161  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 510 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 510 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 578 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.39 
 
 		 636 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 340 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  48.59 
 
 		 507 aa  159  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 512 aa  158  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 547 aa  158  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  50.88 
 
 		 328 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 498 aa  157  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 410 aa  156  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  44.51 
 
 		 641 aa  156  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 306 aa  156  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.92 
 
 		 322 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 359 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  45.98 
 
 		 480 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 346 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 308 aa  155  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.21 
 
 		 843 aa  154  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.7 
 
 		 1262 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 591 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  47.54 
 
 		 518 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  48.39 
 
 		 536 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  46.12 
 
 		 497 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 345 aa  154  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 337 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.84 
 
 		 612 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 533 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.23 
 
 		 483 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  46.67 
 
 		 347 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  47.88 
 
 		 583 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 534 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 501 aa  152  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 		 338 aa  152  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 503 aa  151  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  48 
 
 		 555 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 422 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 360 aa  150  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 578 aa  150  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.81 
 
 		 960 aa  150  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 578 aa  150  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  46.07 
 
 		 528 aa  150  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 300 aa  150  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  46.19 
 
 		 1643 aa  150  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  48.52 
 
 		 630 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 522 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  46.3 
 
 		 574 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  46.11 
 
 		 327 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 310 aa  149  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.19 
 
 		 921 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 452 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  46.24 
 
 		 334 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 347 aa  148  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 578 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 515 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 581 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.7 
 
 		 483 aa  148  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 316 aa  148  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 334 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  47.78 
 
 		 512 aa  147  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 351 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>