More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2495 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  100 
 
 
422 aa  851    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  55.85 
 
 
339 aa  210  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  53.67 
 
 
398 aa  192  9e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  49.21 
 
 
536 aa  192  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  46.19 
 
 
344 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 
319 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 
341 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  49.52 
 
 
1637 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.54 
 
 
353 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.69 
 
 
346 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
340 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
340 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  46.81 
 
 
340 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 
843 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.16 
 
 
591 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  49.74 
 
 
1643 aa  177  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
462 aa  177  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 
308 aa  177  4e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  52.91 
 
 
555 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
462 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.29 
 
 
890 aa  176  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.09 
 
 
565 aa  176  9e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 
890 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  52.98 
 
 
488 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  46.28 
 
 
340 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.67 
 
 
421 aa  176  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  48.3 
 
 
335 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  48.26 
 
 
528 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  49.21 
 
 
1636 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.21 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  49.43 
 
 
512 aa  173  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  41.13 
 
 
327 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  52.28 
 
 
511 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.43 
 
 
330 aa  172  7.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 
316 aa  172  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 
357 aa  171  2e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  50.54 
 
 
534 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.58 
 
 
620 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
538 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  47.27 
 
 
306 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 
660 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  48.86 
 
 
497 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  48.69 
 
 
1726 aa  171  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.33 
 
 
1034 aa  170  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  43.09 
 
 
410 aa  170  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 
660 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.2 
 
 
337 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.1 
 
 
480 aa  169  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.71 
 
 
542 aa  169  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  47.57 
 
 
353 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  42.21 
 
 
546 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.88 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.9 
 
 
325 aa  167  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.97 
 
 
463 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
252 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 
732 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  45.7 
 
 
512 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 
310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 
340 aa  166  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 
344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 
732 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  42.29 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 
481 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  48.72 
 
 
1629 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.63 
 
 
1262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.75 
 
 
461 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.25 
 
 
322 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.59 
 
 
664 aa  164  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 
312 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 
481 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  48.54 
 
 
317 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
305 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.83 
 
 
960 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.66 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 
345 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.45 
 
 
624 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  42.54 
 
 
334 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.99 
 
 
625 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
578 aa  163  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  46.27 
 
 
502 aa  163  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.41 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
340 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 
313 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 
359 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
516 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  47.49 
 
 
518 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.54 
 
 
334 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  49.7 
 
 
305 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  47.43 
 
 
533 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.54 
 
 
334 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 
352 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.66 
 
 
628 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  48.84 
 
 
501 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  46.74 
 
 
338 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40.31 
 
 
641 aa  160  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  43 
 
 
327 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.81 
 
 
355 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>