More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1211 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  78.84 
 
 		 578 aa  932    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  65.03 
 
 		 579 aa  750    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  79.89 
 
 		 574 aa  953    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  64.85 
 
 		 584 aa  746    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  64.85 
 
 		 579 aa  747    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  64.85 
 
 		 579 aa  748    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  67.36 
 
 		 578 aa  810    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  100 
 
 		 578 aa  1192    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  99.48 
 
 		 578 aa  1186    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  43.19 
 
 		 581 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 581 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  42.81 
 
 		 581 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 341 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 308 aa  162  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 306 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 630 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.86 
 
 		 628 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  45.35 
 
 		 494 aa  158  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 591 aa  158  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 327 aa  158  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.84 
 
 		 483 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 316 aa  159  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 341 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 453 aa  158  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 344 aa  156  9e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 642 aa  156  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.75 
 
 		 344 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.11 
 
 		 664 aa  155  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 422 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 498 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 340 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.06 
 
 		 843 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 334 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 334 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 372 aa  153  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  42.46 
 
 		 480 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 319 aa  153  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 312 aa  153  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 516 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 622 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.28 
 
 		 335 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.91 
 
 		 312 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 481 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 534 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  43.45 
 
 		 649 aa  151  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.81 
 
 		 1262 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 547 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 481 aa  150  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 314 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.96 
 
 		 301 aa  150  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  39.89 
 
 		 319 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 343 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  41.94 
 
 		 390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 353 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  40.41 
 
 		 328 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 648 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 307 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 338 aa  149  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 410 aa  148  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.35 
 
 		 317 aa  148  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 340 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 367 aa  148  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 371 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 561 aa  148  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 353 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.2 
 
 		 536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 533 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 492 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 492 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.42 
 
 		 310 aa  147  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 346 aa  147  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 492 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.76 
 
 		 325 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  39 
 
 		 370 aa  146  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 660 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  39.89 
 
 		 335 aa  147  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 333 aa  146  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 506 aa  146  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 660 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 565 aa  146  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  45.51 
 
 		 488 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 		 1034 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  41.72 
 
 		 334 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 492 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.16 
 
 		 415 aa  146  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 339 aa  146  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 460 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 362 aa  146  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 492 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 529 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 310 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>