More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3671 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  100 
 
 		 480 aa  980    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  39.48 
 
 		 542 aa  182  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  50.28 
 
 		 536 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 591 aa  179  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 337 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 346 aa  177  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  49.2 
 
 		 1643 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  46.11 
 
 		 344 aa  173  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 516 aa  173  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.63 
 
 		 660 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.63 
 
 		 660 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.4 
 
 		 353 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 547 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  29.41 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  48.13 
 
 		 1637 aa  171  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 565 aa  170  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  50.29 
 
 		 335 aa  170  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 338 aa  170  7e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  47.8 
 
 		 334 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 334 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 422 aa  169  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.19 
 
 		 319 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.86 
 
 		 359 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 534 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 512 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  50.27 
 
 		 511 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  50.31 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  49.14 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  46.67 
 
 		 555 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  48.84 
 
 		 317 aa  167  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.71 
 
 		 960 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.13 
 
 		 1262 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.14 
 
 		 664 aa  166  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 340 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 492 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.59 
 
 		 636 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  47.25 
 
 		 334 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 648 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  49.71 
 
 		 497 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  47.46 
 
 		 506 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 528 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 516 aa  163  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 499 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 489 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 499 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 499 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  48.57 
 
 		 347 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 484 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  48.3 
 
 		 506 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 		 489 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 462 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 472 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 620 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 462 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  47.95 
 
 		 507 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 453 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 561 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  28.67 
 
 		 488 aa  161  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 479 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 316 aa  161  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  46.86 
 
 		 528 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 252 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 622 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 498 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 345 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  50.86 
 
 		 335 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 341 aa  160  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 313 aa  160  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 465 aa  160  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.33 
 
 		 328 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 522 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 1054 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  43.68 
 
 		 548 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  48 
 
 		 327 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 554 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 529 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 516 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  44.92 
 
 		 1636 aa  159  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>