More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2281 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  85.49 
 
 
528 aa  885    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  100 
 
 
555 aa  1135    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  44.15 
 
 
503 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
518 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
531 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  41.38 
 
 
512 aa  364  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  35.31 
 
 
516 aa  342  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
553 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  33.81 
 
 
533 aa  319  9e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  38.13 
 
 
534 aa  317  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  34.66 
 
 
522 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  35.05 
 
 
522 aa  299  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  34.99 
 
 
522 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  33.87 
 
 
515 aa  296  5e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  33.4 
 
 
515 aa  292  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  34.84 
 
 
548 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  34.28 
 
 
494 aa  286  5e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  35.69 
 
 
532 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  33.27 
 
 
492 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  33.27 
 
 
492 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  34.16 
 
 
492 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
492 aa  250  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  33.27 
 
 
492 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.75 
 
 
492 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
519 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  34.07 
 
 
503 aa  236  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  32.47 
 
 
516 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  33.72 
 
 
508 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  39.47 
 
 
492 aa  233  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  31.7 
 
 
522 aa  232  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
474 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  35.75 
 
 
527 aa  230  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  32.67 
 
 
516 aa  229  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  35.18 
 
 
506 aa  229  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
492 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  36.23 
 
 
529 aa  229  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  32.25 
 
 
507 aa  229  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  35.57 
 
 
528 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  33.8 
 
 
510 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
487 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  32.58 
 
 
492 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
487 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  35.57 
 
 
487 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
487 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
487 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  32.49 
 
 
510 aa  227  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  35.61 
 
 
505 aa  226  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  35.32 
 
 
487 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  32.63 
 
 
507 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  35.92 
 
 
520 aa  224  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  34.52 
 
 
521 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
520 aa  223  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  34.52 
 
 
521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  34.52 
 
 
521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
505 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
505 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  33.79 
 
 
506 aa  219  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  36.72 
 
 
510 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  36.72 
 
 
510 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  36.46 
 
 
510 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  36.77 
 
 
510 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  35.88 
 
 
488 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  28.35 
 
 
519 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  36.2 
 
 
510 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  37.03 
 
 
498 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
501 aa  210  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  33.5 
 
 
502 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  35.53 
 
 
509 aa  209  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  35.28 
 
 
496 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  35.01 
 
 
496 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  31.9 
 
 
501 aa  206  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  30.85 
 
 
524 aa  205  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
493 aa  204  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
489 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.83 
 
 
506 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
499 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
484 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.39 
 
 
506 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
489 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.83 
 
 
499 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
499 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  33.62 
 
 
502 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  31.61 
 
 
504 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  32.86 
 
 
512 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  31.42 
 
 
503 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  36.24 
 
 
510 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
496 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
499 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  32.21 
 
 
508 aa  195  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 
494 aa  193  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
530 aa  193  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  31.33 
 
 
506 aa  190  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  31.4 
 
 
480 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
502 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  34.99 
 
 
572 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  29.85 
 
 
502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  30.91 
 
 
506 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  29.85 
 
 
502 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  29.85 
 
 
502 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.12 
 
 
352 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>