More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3770 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  100 
 
 
328 aa  679    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.5 
 
 
469 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.49 
 
 
353 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.09 
 
 
310 aa  192  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.1 
 
 
319 aa  192  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.8 
 
 
352 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  47.12 
 
 
591 aa  186  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  55.13 
 
 
415 aa  185  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  50.9 
 
 
620 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.54 
 
 
367 aa  183  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.52 
 
 
465 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.48 
 
 
338 aa  182  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 
890 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
314 aa  180  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.56 
 
 
340 aa  179  4.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
890 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.09 
 
 
481 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  49.73 
 
 
339 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.09 
 
 
481 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.3 
 
 
421 aa  176  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 
479 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.71 
 
 
1262 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 
660 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 
660 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  52.6 
 
 
518 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.16 
 
 
461 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.3 
 
 
344 aa  172  6.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.5 
 
 
732 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.82 
 
 
734 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.82 
 
 
462 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.5 
 
 
732 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.28 
 
 
843 aa  170  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  52.1 
 
 
398 aa  170  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 
341 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.98 
 
 
622 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.47 
 
 
308 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
542 aa  169  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.82 
 
 
462 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.95 
 
 
313 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
312 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  47.43 
 
 
334 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.8 
 
 
312 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.26 
 
 
333 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  50.29 
 
 
536 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.73 
 
 
636 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
422 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.09 
 
 
960 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 
334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.29 
 
 
664 aa  167  2.9999999999999998e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  49.69 
 
 
340 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
553 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 
334 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  47.09 
 
 
335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  47.43 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.4 
 
 
372 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.71 
 
 
625 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  49.41 
 
 
335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
538 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.65 
 
 
359 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  47.34 
 
 
579 aa  163  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  47.67 
 
 
327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  48.3 
 
 
565 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  47.51 
 
 
341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  46.78 
 
 
410 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.86 
 
 
337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  48.24 
 
 
347 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.12 
 
 
624 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
305 aa  162  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 
463 aa  162  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.89 
 
 
730 aa  162  6e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  47.7 
 
 
547 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 
308 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 
344 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  45.4 
 
 
344 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
315 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  44.86 
 
 
583 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  50.87 
 
 
492 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  50.87 
 
 
492 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 
310 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.33 
 
 
480 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 
322 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  50.9 
 
 
390 aa  160  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  46.06 
 
 
252 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  47.59 
 
 
555 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 
310 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  51.52 
 
 
492 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.28 
 
 
308 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.93 
 
 
346 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  45.14 
 
 
546 aa  159  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.45 
 
 
307 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  47.65 
 
 
327 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  47.49 
 
 
1034 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  46.2 
 
 
581 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  50.29 
 
 
492 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.3 
 
 
322 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
455 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 
310 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.65 
 
 
316 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>